Bên cạnh những quy định chung, Nghị định quy định rõ về mức phí, phương pháp tính, kê khai, nộp và quản lý sử dụng phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản. Theo đó, mức phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô là 100.000 đồng/tấn; đối với khí thiên nhiên, khí than là 50 đồng/m³. Riêng khí thiên nhiên thu được trong quá trình khai thác dầu thô (khí đồng hành) là 35 đồng/m³. Phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản phải nộp trong kỳ nộp phí được tính theo công thức: F = [(Q1 x f1) + (Q2 x f2)] x K.

Theo đó:

- F là số phí bảo vệ môi trường phải nộp trong kỳ;

- Q1 là số lượng đất đá bốc xúc thải ra trong kỳ nộp phí (m³);

- Q2 là số lượng quặng khoáng sản nguyên khai khai thác trong kỳ (tấn hoặc m³);

- f1 là mức phí đối với số lượng đất đá bốc xúc thải ra: 200 đồng/m³;

- f2 là mức phí tương ứng của từng loại khoáng sản khai thác (đồng/tấn hoặc đồng/m³);

- K là hệ số tính phí theo phương pháp khai thác, trong đó:

+ Khai thác lộ thiên (bao gồm cả khai thác bằng sức nước như khai thác titan, cát, sỏi lòng sông): K = 1,1;

+ Khai thác hầm lò và các hình thức khai thác khác (khai thác dầu thô, khí thiên nhiên, nước khoáng thiên nhiên và các trường hợp còn lại): K = 1.

Đối với khoáng sản tận thu, mức phí bảo vệ môi trường được áp dụng với các trường hợp Hoạt động khai thác khoáng sản còn lại ở bãi thải của mỏ đã có quyết định đóng cửa mỏ; Hoạt động sản xuất, kinh doanh của tổ chức, cá nhân không nhằm mục đích khai thác khoáng sản, nhưng có chức năng, nhiệm vụ hoặc có đăng ký kinh doanh, trong quá trình hoạt động theo chức năng, nhiệm vụ hoặc theo chuyên ngành đã đăng ký mà thu được khoáng sản. Việc quản lý sử dụng phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản (không kể dầu thô và khí thiên nhiên) được quy định là khoản thu ngân sách địa phương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản theo Luật bảo vệ môi trường và Luật ngân sách nhà nước.