Theo Quyết định phân bổ vốn ngân sách trung ương thuộc Chương trình mục tiêu quốc gia Giảm nghèo bền vững giai đoạn 2016 – 2020 gồm có 5 nguyên tắc sau: Việc phân bổ vốn đầu tư phát triển và kinh phí sự nghiệp nguồn ngân sách nhà nước thuộc Chương trình mục tiêu quốc gia Giảm nghèo bền vững giai đoạn 2016 - 2020 phải tuân thủ các quy định của Luật đầu tư công, Luật ngân sách nhà nước và các văn bản pháp luật có liên quan; bảo đảm quản lý tập trung, thống nhất về mục tiêu, cơ chế, chính sách; thực hiện phân cấp trong quản lý đầu tư theo quy định của pháp luật, tạo quyền chủ động cho các bộ, ngành trung ương và các cấp chính quyền địa phương; việc phân bổ vốn đầu tư phát triển và kinh phí sự nghiệp nguồn ngân sách nhà nước nhằm thực hiện các mục tiêu, nhiệm vụ của Chương trình mục tiêu quốc gia Giảm nghèo bền vững giai đoạn 2016 – 2020; ưu tiên bố trí vốn cho các vùng miền núi, biên giới, hải đảo, vùng đồng bào dân tộc thiểu số và các vùng có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, đặc biệt khó khăn, góp phần thu hẹp dần khoảng cách về trình độ phát triển, thu nhập và mức sống của dân cư giữa các vùng, miền trong cả nước; bảo đảm công khai, minh bạch trong việc phân bổ vốn kế hoạch thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia Giảm nghèo bền vững giai đoạn 2016 - 2020, góp phần đẩy mạnh cải cách hành chính và tăng cường công tác phòng, chống tham nhũng, thực hành tiết kiệm, chống lãng phí.

 Ngoài ra Quyết định cũng quy định về tiêu chí phân bổ vốn đầu tư phát triển và kinh phí sự nghiệp cho các địa phương gồm 04 nhóm sau đây: Tiêu chí dân số và dân tộc thiểu số; tiêu chí tỷ lệ hộ nghèo và quy mô hộ nghèo; tiêu chí diện tích đất tự nhiên; tiêu chí về đơn vị hành chính và các huyện có xã biên giới.