Thông tư có những quy định chung, trong đó, những nội dung chính của kháng nghị hàng hải gồm: Họ, tên, ngày, tháng, năm sinh, số, ngày cấp, nơi cấp của chứng minh thư nhân dân hoặc căn cước công dân hoặc hộ chiếu của thuyền trưởng; thông tin về tàu thuyền gồm: tên tàu thuyền, cảng (nơi) đăng ký, số đăng ký, cảng đến (cảng rời, cảng trung chuyển), tổng dung tích, quốc tịch, số IMO (nếu có); số lượng, chủng loại, đặc điểm đóng gói (rời/đóng bao) của hàng hóa trên tàu thuyền (nếu có); thời gian, vị trí xảy ra tai nạn, sự cố; điều kiện thời tiết khi xảy ra tai nạn, sự cố; mô tả diễn biến về tai nạn, sự cố; những tổn thất do tai nạn hoặc nghi ngờ có tổn thất do tai nạn, sự cố gây ra (nếu có); những biện pháp đã áp dụng để khắc phục hoàn cảnh tai nạn, sự cố và hạn chế tổn thất do tai nạn, sự cố gây ra (nếu có); những thông tin khác có liên quan đến tai nạn, sự cố (nếu có); danh sách liệt kê các tài liệu kèm theo như quy định tại Điều 5 của Thông tư.

Thông tư cũng quy định về trình tự, thủ tục xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải. Trong đó, cơ quan xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải được quy định như sau:

1. Cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải tại Việt Nam là Cảng vụ hàng hải hoặc Đại diện Cảng vụ hàng hải hoặc Ủy ban nhân dân cấp xã nơi gần nhất.

2. Cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải ở nước ngoài là cơ quan đại diện của Việt Nam nơi gần nhất hoặc cơ quan, tổ chức có thẩm quyền của quốc gia nơi tàu thuyền hoạt động.

Bên cạnh những quy định liên quan đến hồ sơ xác nhận, nội dung xác nhận, phí xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải, Thông tư còn quy định về trình tự thực hiện và xử lý hồ sơ xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải, theo đó:

Thuyền trưởng lập hồ sơ theo quy định tại Điều 5 của Thông tư này gửi trực tiếp đến cơ quan có thẩm quyền xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải quy định tại khoản 1 Điều 4 và cơ quan đại diện của Việt Nam ở nước ngoài quy định tại khoản 2 Điều 4 của Thông tư này.

Cơ quan có thẩm quyền tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra sự phù hợp của hồ sơ. Trường hợp hồ sơ chưa phù hợp, chậm nhất 30 phút, kể từ khi nhận được hồ sơ, cơ quan có thẩm quyền hướng dẫn thuyền trưởng hoàn thiện hồ sơ theo quy định.

Trong thời hạn không quá 01 giờ đối với Cảng vụ hàng hải, Đại diện Cảng vụ hàng hải và 03 giờ đối với các cơ quan có thẩm quyền khác, kể từ khi đã nhận đủ các giấy tờ hợp lệ, cơ quan có thẩm quyền xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải.

Cơ quan xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải tiến hành lưu hồ sơ gồm 01 bản các giấy tờ quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều 5 của Thông tư này và gửi trả cho thuyền trưởng các bản kháng nghị hàng hải còn lại đã được xác nhận.