Theo đó, 05 nguyên tắc thực hiện chế độ phụ cấp chức vụ lãnh đạo đối với sĩ quan biệt phái được quy định cụ thể, như sau:

Sĩ quan biệt phái được bổ nhiệm giữ chức vụ lãnh đạo nào thì hưởng mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo quy định cho chức vụ lãnh đạo đó. Nếu một người giữ nhiều chức vụ lãnh đạo khác nhau thì chỉ thực hiện một mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo cao nhất. Người được giao quyền đảm nhiệm chức vụ lãnh đạo cũng được trả phụ cấp chức vụ lãnh đạo như người giữ chức vụ lãnh đạo tương ứng.

Trường hợp sĩ quan biệt phái được bổ nhiệm chức vụ lãnh đạo có mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo cao hơn trước khi biệt phái thì được hưởng mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo mới kể từ khi quyết định bổ nhiệm có hiệu lực thi hành.

Trường hợp sĩ quan biệt phái được giao chức vụ lãnh đạo thấp hơn chức vụ lãnh đạo trước khi biệt phái thì được bảo lưu mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo cũ trong 6 tháng, từ tháng thứ 7 trở đi hưởng theo chức vụ lãnh đạo mới.

Trường hợp sĩ quan đang được hưởng phụ cấp chức vụ lãnh đạo mà có quyết định điều động biệt phái đến nơi không có phụ cấp chức vụ lãnh đạo thì được bảo lưu mức phụ cấp chức vụ lãnh đạo cũ trong 6 tháng; thôi hưởng phụ cấp chức vụ lãnh đạo từ tháng thứ 7 trở đi.

Khi thôi làm nhiệm vụ biệt phái, chế độ phụ cấp chức vụ lãnh đạo đối với sĩ quan thực hiện theo quy định tại Khoản 1 Phần IV Thông tư số 05/2005/TT-BQP ngày 05 tháng 01 năm 2005 của Bộ Quốc phòng hướng dẫn thực hiện chế độ tiền lương đối với quân nhân, công nhân viên chức quốc phòng hưởng lương hoặc sinh hoạt phí từ nguồn kinh phí thuộc ngân sách nhà nước.