Theo đó, yêu cầu chung đối với tổ chức, cá nhân khai thác công trình thủy lợi là doanh nghiệp phải có Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Tổ chức thủy lợi cơ sở phải có nội quy hoặc quy chế được cơ quan có thẩm quyền công nhận theo quy định của Luật Hợp tác xã, Bộ luật Dân sự và các quy định khác có liên quan; có tổ chức bộ máy, người vận hành có chuyên môn đáp ứng theo quy định, phù hợp yêu cầu kỹ thuật, quy mô công trình thủy lợi được giao khai thác. Cá nhân khai thác công trình thủy lợi phải có đầy đủ năng lực hành vi dân sự theo quy định của pháp luật, chịu trách nhiệm về các công việc mình thực hiện; có văn bằng, chứng chỉ đào tạo đáp ứng yêu cầu kỹ thuật của công trình thủy lợi mà cá nhân đó thực hiện khai thác. Việc bố trí, sử dụng lao động, trang thiết bị phục vụ quản lý vận hành công trình thủy lợi nhỏ phải đảm bảo an toàn, hiệu quả và theo quy định của pháp luật hiện hành.

Giấy phép cấp cho các hoạt động trong phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi, gồm 10 hoạt động sau đây: Xây dựng công trình mới; lập bến, bãi tập kết nguyên liệu, nhiên liệu, vật liệu, vật tư, phương tiện; khoan, đào khảo sát địa chất; thăm dò, khai thác khoáng sản, vật liệu xây dựng, khai thác nước dưới đất; xả nước thải vào công trình thủy lợi, trừ xả nước thải với quy mô nhỏ và không chứa chất độc hại, chất phóng xạ; rrồng cây lâu năm; hoạt động du lịch, thể thao, nghiên cứu khoa học, kinh doanh, dịch vụ; hoạt động của phương tiện thủy nội địa, phương tiện cơ giới, trừ xe mô tô, xe gắn máy, phương tiện thủy nội địa thô sơ; nuôi trồng thủy sản; nổ mìn và các hoạt động gây nổ khác; xây dựng công trình ngầm.

Việc cấp phép bảo đảm an toàn công trình thủy lợi, bảo vệ chất lượng nước; bảo đảm lợi ích của nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân có liên quan; đúng thẩm quyền, đúng đối tượng và trình tự, thủ tục theo quy định của pháp luật; phù hợp với quy hoạch thủy lợi được cấp có thẩm quyền phê duyệt; trường hợp chưa có quy hoạch thủy lợi được duyệt thì căn cứ vào thiết kế, nhiệm vụ của công trình thủy lợi và bảo đảm an toàn, vận hành công trình thủy lợi.

 Việc cấp giấy phép đối với các hoạt động trong phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi phải căn cứ vào nhiệm vụ công trình thủy lợi; hồ sơ thiết kế và hiện trạng của công trình thủy lợi; quy hoạch thủy lợi được cấp có thẩm quyền phê duyệt; trường hợp chưa có quy hoạch thủy lợi được duyệt thì căn cứ vào thiết kế của công trình thủy lợi và bảo đảm không ảnh hưởng đến an toàn và vận hành công trình thủy lợi. Trường hợp cấp giấy phép xả nước thải vào công trình thủy lợi, ngoài các căn cứ trên, còn phải căn cứ khả năng tiếp nhận nước thải của hệ thống công trình thủy lợi; tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về chất lượng nước thải; các yêu cầu về bảo vệ môi trường đối với hoạt động xả nước thải đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt.

Giấy phép cho các hoạt động trong phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi có thời hạn tối đa là 05 năm và được xem xét gia hạn nhiều lần, mỗi lần gia hạn tối đa là 03 năm. Cơ quan cấp giấy phép quyết định việc thay đổi thời hạn của giấy phép trong trường hợp công trình thủy lợi có nguy cơ mất an toàn; hoạt động trong phạm vi bảo vệ công trình ảnh hưởng đến vận hành công trình; công trình thủy lợi không còn khả năng tiếp nhận nước thải.

Các nội dung quy định trong giấy phép được điều chỉnh, gồm: Phạm vi hoạt động; quy mô, công suất, thông số chủ yếu của các hoạt động đề nghị cấp phép; vị trí, lưu lượng, phương thức, chế độ xả nước thải vào công trình thủy lợi. Trong thời hạn sử dụng giấy phép, tổ chức, cá nhân đề nghị điều chỉnh nội dung giấy phép cho hoạt động trong phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi lập hồ sơ điều chỉnh và trình cơ quan nhà nước có thẩm quyền.