Theo Thông tư quy định về  kinh phí ngân sách nhà nước cấp hỗ trợ các cơ sở giáo dục phải thực hiện kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định hiện hành của pháp luật về quản lý thuế đối với thu nhập từ các hoạt động dịch vụ, các lớp đào tạo ngắn hạn, thu nhập từ lãi tiền gửi ngân hàng; ngân sách nhà nước cấp kinh phí để hỗ trợ cho các cơ sở giáo dục tương ứng số thuế thu nhập doanh nghiệp đã thực nộp vào ngân sách nhà nước nêu trên.

Ngoài ra, Thông tư này còn quy định các cơ sở giáo dục được sử dụng số kinh phí được ngân sách Nhà nước cấp cho các nhiệm vụ không thường xuyên để bổ sung Quỹ đầu tư phát triển hoạt động sự nghiệp hoặc lập quỹ hỗ trợ sinh viên, trong đó: Chi đầu tư phát triển cơ sở: đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, mua sắm trang thiết bị, phương tiện làm việc; phát triển năng lực hoạt động sự nghiệp; chi áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật công nghệ; đào tạo nâng cao nghiệp vụ chuyên môn cho người lao động trong cơ sở giáo dục; góp vốn liên doanh, liên kết với các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước (đối với đơn vị được giao vốn theo quy định) để tổ chức các hoạt động dịch vụ phù hợp với chức năng, nhiệm vụ được giao và các khoản chi khác (nếu có); chi lập Quỹ hỗ trợ sinh viên: chi học bổng khuyến khích học tập và các hình thức học bổng, khen thưởng, hỗ trợ thường xuyên hoặc đột xuất khác theo quy định của cơ sở giáo dục; các khoản chi trực tiếp khác cho học sinh, sinh viên (nghiên cứu khoa học; các hoạt động phong trào, hoạt động ngoại khóa...) và các khoản chi khác để hỗ trợ học sinh, sinh viên.