Theo đó, Thông tư hướng dẫn tuyến đường vận chuyển quá cảnh hàng hóa qua lãnh thổ Việt Nam và áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân có liên quan đến hoạt động vận chuyển quá cảnh hàng hóa qua lãnh thổ Việt Nam.

Tuyến đường vận chuyển quá cảnh hàng hóa qua lãnh thổ Việt Nam bao gồm các tuyến đường bộ, đường sắt, đường thủy kết nối tới các cửa khẩu quốc tế của Việt Nam.

Tuyến đường bộ vận chuyển quá cảnh hàng hóa bao gồm các tuyến quốc lộ: Quốc lộ 1, 1B, 1C, 1D, 1K; quốc lộ 2, 2A, 2B, 2C; quốc lộ 3, 3B, 3C; quốc lộ 4A, 4B, 4C, 4D, 4E, 4G, 4H; quốc lộ 5; quốc lộ 6, 6B; quốc lộ 7, 7B; quốc lộ 8, 8B, 8C;  quốc lộ 9, 9B, 9D; quốc lộ 10; quốc lộ 12, 12A, 12B, 12C; quốc lộ 13; quốc lộ 14, 14B, 14C, 14D, 14E, 14G; quốc lộ 15, 15A, 15B, 15C, 15D; quốc lộ 16; quốc lộ 17; quốc lộ 18, 18B, 18C; quốc lộ 19, 19B, 19C; quốc lộ 20; quốc lộ 21, 21B; quốc lộ 22, 22A, 22B; quốc lộ 23; quốc lộ 24, 24B, 24C; quốc lộ 25; quốc lộ 26, 26B;  quốc lộ 27, 27B, 27C; quốc lộ 28, 28B; quốc lộ 29; quốc lộ 30; quốc lộ 31; quốc lộ 32, 32B, 32C; quốc lộ 34; quốc lộ 35; quốc lộ 37, 37B; quốc lộ 38, 38B; quốc lộ 39A, 39B; quốc lộ 40, 40B;  quốc lộ 43; quốc lộ 45; quốc lộ 46, 46B;  quốc lộ 47; quốc lộ 48, 48B, 48C, 48E; quốc lộ 49, 49B, 49C; quốc lộ 50; quốc lộ 51; quốc lộ 52; quốc lộ 53; quốc lộ 54; quốc lộ 55, 55B;  quốc lộ 56; quốc lộ 57; quốc lộ 60; quốc lộ 61, 61B, 61C; quốc lộ 62; quốc lộ 63; quốc lộ 70, 70B;  quốc lộ 71; quốc lộ 80; quốc lộ 91, 91B, 91C; quốc lộ 100; quốc lộ 217; quốc lộ 279; quốc lộ N1, N2; quốc lộ Nam Sông Hậu; quốc lộ Quản Lộ - Phụng Hiệp;  đường Hồ Chí Minh và hệ thống đường cao tốc, đường tỉnh, đường đô thị kết nối tới các cửa khẩu quốc tế của Việt Nam, các kho ngoại quan, cảng cạn, trung tâm logistics, địa điểm kiểm tra hải quan (được thành lập theo quy định của pháp luật hải quan).

Tuyến đường sắt vận chuyển quá cảnh hàng hóa bao gồm các tuyến đường sắt: Hà Nội - Thành phố Hồ Chí Minh (Bắc - Nam); Hà Nội - Lào Cai; Hà Nội - Hải Phòng; Hà Nội - Quán Triều (Thái Nguyên); Hà Nội - Đồng Đăng (Lạng Sơn); Yên Viên - Hạ Long - Cái Lân.

Tuyến đường thủy vận chuyển quá cảnh hàng hóa bao gồm các tuyến vận tải đường thủy nội địa cố định được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt hoặc công bố; các tuyến vận tải nối giữa các cảng biển Việt Nam.