Theo đó, quy trình lập hồ sơ tài nguyên hải đảo, gồm: Lập và phê duyệt nhiệm vụ lập hồ sơ tài nguyên hải đảo; tổ chức thực hiện nhiệm vụ lập hồ sơ tài nguyên hải đảo; nghiệm thu nhiệm vụ lập hồ sơ tài nguyên hải đảo; thẩm định, phê duyệt hồ sơ tài nguyên hải đảo.

Sở Tài nguyên và Môi trường là đơn vị giúp Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có biển (sau đây gọi chung là Ủy ban nhân dân cấp tỉnh) lập hồ sơ tài nguyên hải đảo, có trách nhiệm lập nhiệm vụ lập hồ sơ tài nguyên hải đảo, trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt. Nội dung nhiệm vụ lập hồ sơ tài nguyên hải đảo gồm: Tên nhiệm vụ; cơ sở pháp lý đề xuất nhiệm vụ; sự cần thiết phải thực hiện nhiệm vụ; mục tiêu của nhiệm vụ; phạm vi thực hiện (trong đó nêu rõ số lượng và tên của hải đảo cần lập hồ sơ); tổng quan hiện trạng các thông tin, dữ liệu đang có tại các bộ, ngành, địa phương về tài nguyên, môi trường của các hải đảo; các hoạt động của nhiệm vụ; sản phẩm của nhiệm vụ; khái toán kinh phí và nguồn vốn; kế hoạch thực hiện nhiệm vụ: thời gian thực hiện, thời gian hoàn thành; đơn vị chủ trì, đơn vị phối hợp thực hiện nhiệm vụ.Sở Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan tổ chức thực hiện nhiệm vụ lập hồ sơ tài nguyên hải đảo sau khi được phê duyệt. Nhiệm vụ lập hồ sơ tài nguyên hải đảo được nghiệm thu theo quy định của pháp luật.

Sau khi nhiệm vụ lập hồ sơ tài nguyên hải đảo được nghiệm thu, Sở Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm hoàn chỉnh hồ sơ tài nguyên hải đảo, trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh thẩm định.Việc thẩm định hồ sơ tài nguyên hải đảo phải được thực hiện thông qua Hội đồng thẩm định do Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định thành lập với cơ cấu gồm: 01 Chủ tịch hội đồng là Lãnh đạo Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, 01 Phó Chủ tịch hội đồng là Lãnh đạo Sở Tài nguyên và Môi trường, 02 Ủy viên phản biện, 01 Ủy viên thư ký là cán bộ Sở Tài nguyên và Môi trường và các ủy viên khác là đại diện của các Sở: Nội vụ, Kế hoạch và Đầu tư, Công Thương, Xây dựng, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Khoa học và Công nghệ, Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Sở Ngoại vụ (nếu có), đại diện Bộ chỉ huy Quân sự tỉnh, Công an tỉnh và một số chuyên gia, nhà khoa học.

Nội dung thẩm định hồ sơ tài nguyên hải đảo gồm: Căn cứ để lập hồ sơ tài nguyên hải đảo; nội dung, thành phần, thể thức trình bày của hồ sơ tài nguyên hải đảo; tính phù hợp, đúng đắn, trung thực và khoa học của các thông tin trong hồ sơ tài nguyên hải đảo và sự tuân thủ các quy trình, quy chuẩn kỹ thuật và các quy định pháp luật có liên quan trong việc lập hồ sơ tài nguyên hải đảo; các nội dung liên quan khác. Trên cơ sở ý kiến của Hội đồng thẩm định, Sở Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm hoàn thiện hồ sơ tài nguyên hải đảo, trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt hồ sơ tài nguyên hải đảo. Hồ sơ trình phê duyệt gồm: Tờ trình phê duyệt hồ sơ tài nguyên hải đảo; hồ sơ tài nguyên hải đảo sau khi đã được hoàn thiện theo yêu cầu của Hội đồng thẩm định; biên bản họp Hội đồng thẩm định; bản giải trình, tiếp thu hoàn thiện hồ sơ tài nguyên hải đảo; văn bản xác nhận của các Ủy viên phản biện và Chủ tịch Hội đồng thẩm định về việc đã bổ sung, chỉnh sửa, hoàn thiện hồ sơ tài nguyên hải đảo theo yêu cầu của Hội đồng thẩm định; dự thảo Quyết định của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt hồ sơ tài nguyên hải đảo. Quyết định phê duyệt hồ sơ tài nguyên hải đảo được lập theo Mẫu số 06/QĐPD ban hành kèm theo Thông tư này là tài liệu của hồ sơ tài nguyên hải đảo.