Theo đó, Thông tư sửa đổi thủ tục vào và rời cảng, bến đối với tàu khách cao tốc như sau: Chậm nhất 20 (hai mươi) phút trước khi tàu dự kiến cập vào cảng, bến, thuyền trưởng có trách nhiệm thông báo cho Cảng vụ hoặc Ban Quản lý bên thời gian tàu sẽ cập cảng, bến, số lượng hành khách, hàng hóa trên tàu. Thông báo có thể bằng VHF hoặc thiết bị liên lạc khác.

Sau khi tàu cập cảng, bến: Thủ tục vào và rời cảng, bến thủy nội địa thực hiện theo quy định của pháp luật về đường thủy nội địa; Thủ tục vào và rời cảng biển thực hiện theo quy định của pháp luật về hàng hải.

Sau khi kiểm tra các giấy tờ theo quy định, Cảng vụ hoặc Ban Quản lý bến kiểm tra thực tế tàu. Nếu bảo đảm các Điều kiện an toàn, Cảng vụ hoặc Ban Quản lý bến cấp Giấy phép vào cảng bến cho tàu. Trường hợp không bảo đảm các Điều kiện an toàn theo quy định, lập biên bản và xử lý theo quy định của pháp luật.

Ngoài ra, Thông tư còn sửa đổi và bổ sung thêm 01 cơ quan có thẩm quyền về đình chỉ hoạt động tạm thời đối với tàu đó là Chi cục Đường thủy nội địa khu vực, theo đó quy định: Sở Giao thông vận tải, Chi cục Đường thủy nội địa khu vực, Cảng vụ liên quan thực hiện đình chỉ hoạt động khi phát hiện tàu khách cao tốc gặp sự cố, tai nạn có ảnh hưởng đến an toàn kỹ thuật của tàu và chỉ cho phép hoạt động lại khi có ý kiến của tổ chức đăng kiểm liên quan về việc tàu đủ Điều kiện an toàn kỹ thuật để tiếp tục hoạt động.