Theo đó, các phương tiện thủy nội địa, tàu biển (sau đây gọi là phương tiện) ra, vào hoạt động tại các cảng, bến thủy nội địa (kể cả cảng, bến chuyên dùng) đã được cơ quan nhà nước công bố cấp phép hoạt động phải chịu phí, lệ phí áp dụng theo quy định, trừ trường hợp sau đây không phải chịu phí, lệ phí áp dụng tại cảng, bến thủy nội địa:

- Phương tiện thuộc Bộ Quốc phòng và Bộ Công an sử dụng vào Mục đích quốc phòng, an ninh (trừ các phương tiện sử dụng vào hoạt động kinh tế); phương tiện của cơ quan Hải quan đang làm nhiệm vụ (trừ các phương tiện sử dụng vào hoạt động kinh tế); phương tiện của các cơ quan thanh tra giao thông, Cảng vụ đường thủy nội địa.

- Phương tiện tránh bão, cấp cứu.

- Phương tiện vận chuyển hàng hóa có trọng tải toàn phần dưới 10 tấn hoặc chở khách dưới 13 ghế.

- Phương tiện vận chuyển phòng chống lụt bão.

Trường hợp Điều ước quốc tế mà Nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam ký kết hoặc gia nhập có quy định về phí, lệ phí áp dụng tại cảng, bến thủy nội địa khác với quy định tại Thông tư số 177/2012/TT-BTC thì thực hiện theo quy định của Điều ước quốc tế đó.

Thông tư nêu rõ mức thu phí, lệ phí áp dụng tại cảng, bến thủy nội địa. Đối với tàu biển vào, ra cảng bến thủy nội địa phải chịu phí, lệ phí theo quy định của Bộ Tài chính ban hành mức thu phí, lệ phí hàng hải và không phải chịu các khoản phí, lệ phí nêu tại Thông tư này. Phương tiện vào, ra cảng không nhằm mục đích bốc dỡ hàng hóa, không nhận trả khách áp dụng mức thu phí trọng tải bằng 70% (bảy mươi phần trăm) mức thu phí trọng tải quy định. Phương tiện không phải là phương tiện chở hàng hóa được quy đổi khi tính phí trọng tải. Phí, lệ phí áp dụng tại cảng, bến đường thủy nội địa thu bằng đồng Việt Nam. Trường hợp tổ chức, cá nhân nước ngoài nộp phí, lệ phí bằng ngoại tệ thì thu bằng đô la Mỹ (USD) theo tỷ giá bán ra của Ngân hàng thương mại nơi cơ quan thu phí, lệ phí mở tài khoản tại ngày phát sinh giao dịch thanh toán ngoại tệ.