Theo đó, Nghị định số 28/2016/NĐ-CP sửa đổi một số nội dung sau đây:

- Quy định về nguồn hình thành Quỹ bảo trì đường bộ từ phí sử dụng đường bộ được thu hàng năm trên đầu phương tiện giao thông cơ giới đường bộ, bao gồm: xe ô tô, máy kéo; rơ moóc, sơ mi rơ moóc được kéo bởi ô tô, máy kéo và các loại xe tương tự (sau đây gọi chung là xe ôtô). So với quy định trước đây, bãi bỏ nguồn phí sử dụng đường bộ đối với xe mô tô hai bánh, xe mô tô ba bánh, xe gắn máy và các loại xe tương tự (sau đây gọi chung là mô tô) sau khi đã trừ đi phần nộp vào ngân sách địa phương để Ủy ban nhân dân cấp xã đầu tư đường giao thông nông thôn theo Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới (sau đây gọi là Chương trình xây dựng nông thôn mới).

- Trách nhiệm của Bộ Tài chính trong việc hướng dẫn chế độ quản lý thu phí sử dụng đường bộ, quy định cụ thể kỳ kê khai, nộp phí sử dụng đường bộ (theo tháng, quý, năm, kỳ đăng kiểm) đối với xe ô tô cho phù hợp với từng đối tượng nộp phí. So với quy định trước đây, Bộ Tài chính không còn trách nhiệm ban hành mức thu phí sử dụng đường bộ được thu hàng năm trên đầu phương tiện đối với xe ô tô và khung mức thu phí sử dụng đường bộ được thu hàng năm đối với xe mô tô.

Nghị định bãi bỏ quy định về phí sử dụng đường bộ thu được đối với mô tô được nộp vào ngân sách địa phương để đầu tư đường giao thông nông thôn theo Chương trình xây dựng nông thôn mới và bổ sung vào Quỹ địa phương; trách nhiệm của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh trong việc xây dựng, trình Hội đồng nhân dân cấp tỉnh quyết định dành toàn bộ hoặc tỷ lệ phân chia nguồn phí thu được đối với mô tô giữa phần chi cho Ủy ban nhân dân cấp xã để đầu tư đường giao thông nông thôn theo Chương trình xây dựng nông thôn mới và phần bổ sung Quỹ địa phương; quy định việc quản lý, sử dụng phần phí để lại cho Ủy ban nhân dân cấp xã để đầu tư đường giao thông nông thôn theo Chương trình xây dựng nông thôn mới theo đúng quy định pháp luật hiện hành.