Một trong những nội dung có nhiều ý kiến khác nhau là việc tổ chức, sắp xếp lại các cơ quan thanh tra sở, thanh tra huyện và thanh tra tỉnh theo hướng thu gọn đầu mối. Thanh tra tỉnh thực hiện thanh tra hành chính trong phạm vi toàn tỉnh và thực hiện thanh tra chuyên ngành đối với những lĩnh vực không tổ chức thanh tra sở. Trên cơ sở sắp xếp lại biên chế thanh tra huyện sẽ thành lập các phòng thanh tra thuộc Thanh tra tỉnh phụ trách theo địa bàn đối với những huyện không thành lập cơ quan thanh tra huyện. Như vậy, ý kiến đặt ra là: căn cứ nào để xóa bỏ cấp thanh tra sở, thanh tra huyện đã tồn tại nhiều chục năm qua? không thành lập thanh tra sở, thanh tra huyện có tác động gì đến hoạt động quản lý cơ quan chuyên môn của UBND cấp tỉnh, UBND cấp huyện.

Theo Luật thanh tra hiện hành, Thanh tra sở là cơ quan của sở, giúp Giám đốc sở tiến hành thanh tra hành chính và thanh tra chuyên ngành, giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng, chống tham nhũng theo quy định của pháp luật.Thanh tra huyện là cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp huyện, giúp UBND cùng cấp quản lý nhà nước về công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng; tiến hành thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng, chống tham nhũng theo quy định của pháp luật. Nay theo dự thảo luật: chỉ thành lập Thanh tra sở là cơ quan thanh tra chuyên ngành ở một số lĩnh vực có nhu cầu thanh tra cao và ảnh hưởng nhiều đến cuộc sống của người dân và doanh nghiệp, như: Tài nguyên và Môi trường; Giao thông vận tải; Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Y tế; Giáo dục; Lao động, Thương binh và Xã hội,... Việc thành lập Thanh tra sở trong các cơ quan chuyên môn khác của Ủy ban nhân dân tỉnh do Thủ tướng Chính phủ quyết định theo đề nghị của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh sau khi thống nhất với Tổng Thanh tra Chính phủ.Và, Thanh tra huyện được thành lập ở huyện đảm bảo một trong các tiêu chí: có dân số từ … dân trở lên; thu ngân sách bình quân 05 năm từ … trở lên; huyện miền núi, biên giới, hải đảo mà trung tâm hành chính huyện cách trung tâm hành chính tỉnh từ…km trở lên và có điều kiện đi lại khó khăn. Việc thành lập Thanh tra huyện do Thủ tướng Chính phủ quyết định theo đề nghị của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh sau khi thống nhất với Tổng Thanh tra Chính phủ.

Đối với những lĩnh vực quản lý nhà nước không thành lập Thanh tra sở thì chức năng thanh tra do Thanh tra tỉnh thực hiện và nhiệm vụ tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo; phòng, chống tham nhũng do Giám đốc sở giao cho các phòng, tổ chức khác thuộc sở đảm nhận.Tại những nơi không tổ chức Thanh tra huyện thì chức năng thanh tra do Thanh tra tỉnh thực hiện; chức năng quản lý nhà nước và tham mưu giải quyết khiếu nại, tố cáo do Ban Tiếp công dân huyện thực hiện, chức năng quản lý nhà nước và phòng, chống tham nhũng do phòng Nội vụ thực hiện. Việc không thành lập Thanh tra sở, cấp sở sẽ bớt đi một đầu mối cấp phòng phù hợp với tinh thần Nghị định số 107/2020/NĐ-CP ngày 14/9/2020 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 24/2014/NĐ-CP ngày 04/4/2014 của Chính phủ quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, nhưng  việc thực hiện chức năng thanh tra hành chính đối với các đơn vị thuộc những sở không thành lập tổ chức Thanh tra sở thì Thanh tra tỉnh sẽ thành một trong những cơ quan cấp sở lớn nhất ở mỗi tỉnh, thành. Việc không thành lập thanh tra cấp huyện thì nhiệm vụ và biên chế của Thanh tra huyện sẽ được chuyển giao về Thanh tra tỉnh và thành lập các phòng phụ trách các địa phương với biên chế và khối lượng công việc sẽ tăng lên.

Ngoài mặt tích cực của dự thảo về việc không thành lập Thanh tra sở, Thanh tra huyện đặt ra những câu hỏi là: Chính quyền cấp huyện và Sở chuyên môn cấp tỉnh có phạm vi quản lý rộng, bao gồm các lĩnh vực của đời sống xã hội, có nhiều đơn vị trực thuộc, có hệ thống chính quyền cấp dưới mà giao cho các phòng ban chuyên môn liệu có đủ lực lượng, khả năng chuyên môn và tính khách quan để thay thế cho cơ quan Thanh tra sở, Thanh tra huyện trong việc phát hiện xử lý vi phạm pháp luật của tổ chức, cá nhân; tiếp nhận, xử lý, giải quyết đơn thư khiếu nại, tố cáo và công tác phòng, chống tham nhũng theo quy định của pháp luật? Xử lý vi phạm hành chính?

Vì thế, thiết nghĩ cần có sự nghiên cứu, đánh giá tác động nhiều mặt trước khi đề xuất quy định về việc không thành lập Thanh tra sở, Thanh tra cấp huyện. Thiết nghĩ có giải pháp sắp xếp lại biên chế Thanh tra sở, Thanh tra huyện theo hướng: thứ nhất là không dàn đều về biên chế, cơ quan chuyên môn nào, huyện nào vụ việc nhiều, tính chất, nhiều lĩnh vực phức tạp thì bố trí biên chế nhiều hơn và ngược lại; hai là tăng cường chỉ đạo, điều hành của cơ quan Thanh tra tỉnh với Thanh tra sở, Thanh tra huyện, giảm bớt sự phụ thuộc của cơ quan thanh tra với Thủ trưởng cơ quan sở và Chủ tịch UBND cùng cấp./.