Theo đó, Nghị định quy định mức thu, phương pháp tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước như sau:

1. Mức thu tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước (M) được quy định theo mục đích khai thác nước, có giá trị từ 0,1% đến 2,0%, được quy định cụ thể tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định này.

2. Công thức tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước

-  Tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước đối với trường hợp khai thác nước cho thủy điện được xác định theo công thức sau:

T = W x G x M

Trong đó:

T - Tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước, đơn vị tính là đồng Việt Nam;

W - Sản lượng điện năng, đơn vị tính là kWh;

G - Giá tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước, đơn vị tính là đồng Việt Nam/kWh;

M - Mức thu tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước, đơn vị tính là phần trăm (%).

- Tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước đối với các trường hợp khác với quy định tại nêu trên xác định theo công thức sau:

T = W x G x K x M

Trong đó:

T - Tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước, đơn vị tính là đồng Việt Nam;

W - Sản lượng khai thác nước để tính tiền cấp quyền khai thác, đơn vị tính là m³;

G - Giá tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước, đơn vị tính là đồng Việt Nam/m³;

K - Hệ số điều chỉnh được quy định tại Điều 9 của Nghị định này;

M - Mức thu tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước, đơn vị tính là phần trăm (%).

3. Sản lượng tính tiền cấp quyền khai thác

 - Đối với sản xuất thủy điện thì sản lượng tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước được tính bằng điện lượng trung bình hàng năm được xác định trong hồ sơ thiết kế của Dự án (E₀, đơn vị tính là kWh) chia (/) 365 ngày và nhân (x) thời gian tính tiền (ngày).

- Đối với các trường hợp khác với quy định nêu trên thì sản lượng khai thác tính bằng lưu lượng khai thác lớn nhất (đơn vị tính là m³/ngày đêm) quy định trong giấy phép nhân (x) chế độ khai thác trong năm và nhân (x) thời gian tính tiền (ngày).

- Chế độ khai thác trong năm được tính bằng số ngày khai thác trong năm chia (/) 365 ngày. Trường hợp giấy phép không quy định thì chế độ khai thác được tính là 365/365 ngày.

- Thời gian tính tiền được tính bằng ngày và được xác định: Trường hợp công trình đã vận hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành nhưng chưa được cấp giấy phép, tính từ thời điểm giấy phép có hiệu lực đến thời điểm giấy phép hết hiệu lực; trường hợp công trình chưa vận hành, tính từ thời điểm dự kiến bắt đầu vận hành đến thời điểm giấy phép hết hiệu lực. Thời điểm bắt đầu vận hành là thời điểm hoàn thành việc đầu tư xây dựng, đưa công trình khai thác nước vào vận hành chính thức, được xác định theo hồ sơ thiết kế, dự kiến của chủ đầu tư hoặc căn cứ vào thực tế.

-  Trường hợp công trình khai thác, sử dụng tài nguyên nước cho nhiều mục đích thì sản lượng khai thác để tính tiền cấp quyền khai thác được tính cho từng mục đích sử dụng theo quy định của Nghị định này và được xác định: Chủ giấy phép phải tự xác định, kê khai sản lượng nước khai thác cho từng mục đích sử dụng và thuyết minh căn cứ xác định sản lượng nước được khai thác để sử dụng cho các mục đích đó. Phần sản lượng không xác định được rõ mục đích sử dụng thì được áp dụng cho mục đích sử dụng có mức thu cao nhất ghi trong giấy phép; trường hợp nhiều công trình khai thác nước cùng cung cấp cho một hệ thống cấp nước tập trung thì sản lượng tính tiền cấp quyền khai thác nước cho từng mục đích của mỗi công trình được xác định theo tỷ lệ cấp nước cho các mục đích của hệ thống cấp nước tập trung đó; trường hợp cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ sử dụng nước phục vụ sinh hoạt trong phạm vi cơ sở đó thì toàn bộ lượng nước sử dụng được tính cho mục đích sản xuất, kinh doanh, dịch vụ của cơ sở đó. Trường hợp cấp nước sinh hoạt cho nhân dân ngoài phạm vi cơ sở đó thì được tính là cấp nước sinh hoạt và không phải nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước cho phần sản lượng này.

- Giấy phép được cấp sau ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành thì phải ghi rõ lưu lượng nước khai thác cho từng mục đích sử dụng để làm cơ sở xác định sản lượng tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước.

4. Giá tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước (G)

- Giá tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước cho sản xuất thủy điện là 70% giá điện dùng để tính thuế tài nguyên nước dùng cho sản xuất thủy điện.

- Giá tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước đối với các trường hợp khác với quy định tại khoản 1 Điều này là giá tính thuế tài nguyên nước do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi chung là Ủy ban nhân dân cấp tỉnh) nơi có công trình khai thác, sử dụng tài nguyên nước ban hành và phù hợp khung giá tính thuế tài nguyên đối với nước thiên nhiên do Bộ Tài chính quy định.

- Trường hợp chưa có giá tính thuế tài nguyên nước thì Sở Tài chính chủ trì, phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường, Cục thuế tỉnh căn cứ quy định của pháp luật về giá, tham mưu cho Ủy ban nhân dân cấp tỉnh nơi có công trình khai thác tài nguyên nước ban hành để làm cơ sở tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước.

5. Hệ số điều chỉnh (K)

- Hệ số điều chỉnh được xác định như sau: K = 1 + (K₁+ K₂ + K₃)

Trong đó:

K₁ - Hệ số chất lượng nguồn nước khai thác;

K₂ - Hệ số loại nguồn nước khai thác;

K₃ - Hệ số điều kiện khai thác.

- Hệ số chất lượng nguồn nước khai thác (K₁) được xác định theo chất lượng của nguồn nước mà tổ chức, cá nhân khai thác.

- Hệ số loại nguồn nước khai thác (K₂) được xác định theo loại nguồn nước bao gồm nước mặt, nước dưới đất do tổ chức, cá nhân khai thác.

- Hệ số điều kiện khai thác (K₃) xác định căn cứ vào điều kiện khai thác cụ thể của nguồn nước mà tổ chức, cá nhân khai thác.

- Giá trị của hệ số được quy định tại Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định này.