Theo đó, quy định chi tiết về quản lý, thanh toán, quyết toán vốn đầu tư công cho dự án, công trình, nhiệm vụ quy hoạch, nhiệm vụ chuẩn bị đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư công, bao gồm:

1. Quản lý, thanh toán vốn đầu tư công cho:

Dự án đầu tư công sử dụng vốn ngân sách Nhà nước; nhiệm vụ quy hoạch, nhiệm vụ chuẩn bị đầu tư sử dụng vốn đầu tư công; dự án đầu tư theo phương thức đối tác công tư (PPP) gồm: Vốn đầu tư công thực hiện nhiệm vụ chuẩn bị đầu tư; bồi thường, giải phóng mặt bằng, hỗ trợ, tái định cư, hỗ trợ xây dựng công trình tạm; hỗ trợ xây dựng công trình, hệ thống cơ sở hạ tầng được tách thành tiểu dự án trong dự án PPP và chi phí bồi thường chấm dứt hợp đồng trước thời hạn cho nhà đầu tư, doanh nghiệp dự án PPP; dự án đầu tư công sử dụng vốn từ nguồn thu hợp pháp của các cơ quan Nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập dành để đầu tư.

2. Quyết toán vốn đầu tư công nguồn ngân sách Nhà nước theo năm ngân sách (quyết toán theo niên độ).

3. Quyết toán vốn đầu tư công dự án hoàn thành, bao gồm các nhiệm vụ, dự án quy định tại mục 1 nêu trên khi hoàn thành hoặc dừng thực hiện vĩnh viễn theo văn bản cho phép dừng hoặc cho phép chấm dứt thực hiện của người có thẩm quyền quyết định phê duyệt quyết định đầu tư.

4. Đối với vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ nước ngoài bố trí cho dự án đầu tư công: Quy trình, thủ tục kiểm soát thanh toán và quyết toán thực hiện theo các quy định tại Nghị định này; riêng thủ tục rút vốn và quản lý rút vốn thực hiện theo điều ước quốc tế về ODA, vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ nước ngoài và quy định của Chính phủ về quản lý và sử dụng vốn ODA, vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ nước ngoài.

Nghị định cũng quy định cơ quan kiểm soát, thanh toán, cụ thể:

1. Cơ quan Kho bạc Nhà nước thực hiện nhiệm vụ kiểm soát, thanh toán vốn đầu tư công nguồn ngân sách Nhà nước và nguồn thu hợp pháp của các cơ quan Nhà nước dành để đầu tư.

2. Đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện kiểm soát thanh toán vốn từ nguồn thu hợp pháp dành để đầu tư của đơn vị mình.

3. Bộ Quốc phòng, Bộ Công an căn cứ vào nhiệm vụ, phân cấp quản lý, ủy quyền cho một cơ quan làm nhiệm vụ kiểm soát, thanh toán vốn cho dự án đầu tư công bí mật Nhà nước do Thủ tướng Chính phủ quyết định chủ trương đầu tư, dự án đầu tư công tối mật, dự án đầu tư công tuyệt mật của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an thông báo cho Bộ Tài chính.

Về nguyên tắc quản lý, thanh toán vốn đầu tư công, Nghị định quy định rõ, như sau:

1. Việc quản lý, thanh toán vốn đầu tư công cho nhiệm vụ, dự án bảo đảm đúng mục đích, đúng đối tượng, tiết kiệm, hiệu quả, đúng quy định về quản lý đầu tư công và ngân sách Nhà nước của pháp luật hiện hành và quy định tại Nghị định này.

2. Chủ đầu tư sử dụng vốn đầu tư công chịu trách nhiệm quản lý, sử dụng vốn đúng mục đích, đúng đối tượng, tiết kiệm, hiệu quả; chấp hành đúng quy định của pháp luật về chế độ tài chính đầu tư. Chủ đầu tư sử dụng vốn đầu tư công nguồn ngân sách Nhà nước phải thực hiện đúng quy định của pháp luật về chế độ chi đầu tư phát triển, chi đầu tư xây dựng cơ bản quy định tại Luật Ngân sách Nhà nước.

3. Cơ quan cấp trên của chủ đầu tư có trách nhiệm kiểm tra, đôn đốc các chủ đầu tư, ban quản lý dự án (gọi chung là chủ đầu tư) thuộc phạm vi quản lý thực hiện kế hoạch đầu tư công, sử dụng vốn đầu tư công đúng quy định của pháp luật hiện hành.

4. Cơ quan tài chính các cấp thực hiện công tác quản lý tài chính đầu tư công trong việc chấp hành chế độ, chính sách về quản lý, thanh toán vốn đầu tư công theo quy định của pháp luật hiện hành và tại Nghị định này.

5. Cơ quan kiểm soát, thanh toán vốn đầu tư công có trách nhiệm kiểm soát, thanh toán vốn kịp thời, đầy đủ, đúng quy định cho các nhiệm vụ, dự án khi có đủ điều kiện thanh toán, đủ hồ sơ thanh toán theo quy định.

6. Đối với dự án đầu tư công tại nước ngoài, hợp đồng đã ký kết, pháp luật hiện hành của nước sở tại, điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên và pháp luật hiện hành của Việt Nam là căn cứ pháp lý thực hiện quản lý, tạm ứng, thanh toán vốn cho dự án đầu tư công tại nước ngoài. Cơ quan chủ quản thay mặt chủ đầu tư đề nghị và thực hiện giao dịch thanh toán vốn đầu tư công với cơ quan kiểm soát, thanh toán.

Nghị định cũng quy định rõ nguyên tắc kiểm soát, thanh toán của cơ quan kiểm soát, thanh toán, như sau:

1. Sau khi nhận được văn bản phân bổ chi tiết vốn kế hoạch đầu tư công (bao gồm cả điều chỉnh, bổ sung nếu có) của các bộ, cơ quan trung ương và địa phương, đối với các nhiệm vụ, dự án đã đủ thủ tục đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư công, đã được phân bổ, điều chỉnh phân bổ vốn kế hoạch, cơ quan kiểm soát, thanh toán căn cứ hồ sơ đề nghị thanh toán của chủ đầu tư, các điều khoản thanh toán được quy định trong hợp đồng, dự toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt, văn bản giao việc hoặc hợp đồng nội bộ (đối với trường hợp tự thực hiện dự án), số lần thanh toán, giai đoạn thanh toán, thời điểm thanh toán, các điều kiện thanh toán và giá trị từng lần thanh toán để thanh toán vốn cho nhiệm vụ, dự án.

Trường hợp hồ sơ đề nghị thanh toán của chủ đầu tư chưa đảm bảo đúng chế độ hoặc thiếu hồ sơ theo quy định tại Nghị định này, cơ quan kiểm soát, thanh toán từ chối thanh toán và chậm nhất trong vòng 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ đề nghị thanh toán của chủ đầu tư, cơ quan kiểm soát, thanh toán phải có văn bản thông báo cụ thể lý do từ chối thanh toán gửi một lần cho chủ đầu tư để hoàn thiện, bổ sung theo quy định của Nghị định này.

2. Vốn đầu tư công thanh toán cho từng công việc, hạng mục của nhiệm vụ, dự án không được vượt dự toán được duyệt đối với trường hợp tự thực hiện hoặc thực hiện không theo hợp đồng. Tổng số vốn thanh toán cho nhiệm vụ, dự án không được vượt tổng mức đầu tư đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Số vốn đầu tư công giải ngân cho nhiệm vụ, dự án trong năm cho các công việc, hạng mục của nhiệm vụ, dự án không vượt vốn kế hoạch trong năm đã bố trí cho dự án.

3. Đối với các chi phí được tính theo tỷ lệ phần trăm (%) trong tổng mức đầu tư (hoặc dự toán được duyệt) được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật hiện hành, cơ quan kiểm soát, thanh toán thực hiện kiểm soát, thanh toán đảm bảo không vượt giá trị tính theo tỷ lệ quy định.

4. Cơ quan kiểm soát, thanh toán thực hiện kiểm soát, thanh toán vốn đầu tư công theo nguyên tắc “thanh toán trước, kiểm soát sau” cho từng lần giải ngân cho đến khi giá trị giải ngân đạt 80% giá trị hợp đồng thì chuyển sang hình thức “kiểm soát trước, thanh toán sau” cho từng lần giải ngân của hợp đồng. Cơ quan kiểm soát, thanh toán hướng dẫn cụ thể phương thức kiểm soát, thanh toán trong hệ thống, đảm bảo tạo điều kiện thuận lợi cho chủ đầu tư, nhà thầu và đúng quy định hiện hành.

5. Đối với dự án đầu tư công bí mật nhà nước do Thủ tướng Chính phủ quyết định chủ trương đầu tư, dự án đầu tư công tối mật, dự án đầu tư công tuyệt mật của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an:

Cơ quan được Bộ Quốc phòng, Bộ Công an ủy quyền làm nhiệm vụ kiểm soát, thanh toán tiến hành kiểm soát, thanh toán vốn đầu tư công cho các đơn vị thụ hưởng theo đề nghị của chủ đầu tư và chịu trách nhiệm về việc kiểm soát, thanh toán do mình thực hiện.

6. Cách thức giao dịch tại cơ quan kiểm soát, thanh toán (giao dịch trực tiếp tại cơ quan kiểm soát, thanh toán hoặc giao dịch điện tử):

+ Đối với trường hợp giao dịch tại hệ thống Kho bạc Nhà nước, cách thức giao dịch theo quy định của Chính phủ về thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước.

+ Đối với trường hợp giao dịch qua cơ quan kiểm soát, thanh toán khác, cách thức giao dịch theo quy định của cơ quan kiểm soát, thanh toán nơi thực hiện giao dịch.

Nghị định 99/2021/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 1/1/2022./.