Doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao là doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau đây:

-  Ứng dụng công nghệ cao thuộc Danh Mục công nghệ cao được ưu tiên đầu tư phát  triển để sản xuất sản phẩm nông nghiệp, gồm: Công nghệ thông tin; công nghệ sinh học; công nghệ vật liệu mới; công nghệ tự động hóa.

- Tạo ra sản phẩm nông nghiệp có chất lượng, năng suất, giá trị và hiệu quả cao, doanh thu từ sản phẩm nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao của doanh nghiệp đạt ít nhất 60% trong tổng số doanh thu thuần hàng năm.

- Có hoạt động nghiên cứu, thử nghiệm ứng dụng công nghệ cao, chuyển giao công nghệ để sản xuất sản phẩm nông nghiệp, tổng chi cho hoạt động nghiên cứu và phát triển được thực hiện tại Việt Nam trên tổng doanh thu thuần hàng năm đạt ít nhất 0,5%; số lao động có trình độ chuyên môn từ đại học trở lên trực tiếp thực hiện nghiên cứu và phát triển trên tổng số lao động của doanh nghiệp đạt ít nhất 2,5%.

-  Áp dụng các biện pháp thân thiện môi trường, tiết kiệm năng lượng trong sản xuất và quản lý chất lượng sản phẩm nông nghiệp đạt tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật của Việt Nam hoặc tiêu chuẩn quốc tế.

Ủy ban nhân dân cấp tỉnh là cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao cho các doanh nghiệp đăng ký kinh doanh trên địa bàn tỉnh. Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì tổ chức thẩm định hồ sơ đề nghị công nhận của doanh nghiệp và trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xem xét quyết định công nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.

 Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao có hiệu lực 05 năm kể từ ngày cấp. Giấy chứng nhận này là căn cứ để doanh nghiệp được hưởng chính sách ưu đãi cao nhất theo quy định của pháp luật về đất đai, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế giá trị gia tăng, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; được xem xét hỗ trợ kinh phí nghiên cứu, thử nghiệm, đào tạo, chuyển giao công nghệ từ kinh phí của Chương trình quốc gia phát triển công nghệ và các ưu đãi khác theo quy định của pháp luật.

 Trước thời hạn Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao hết hiệu lực 45 ngày, doanh nghiệp lập hồ sơ đề nghị cấp lại Giấy chứng nhận. Đối với Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao bị mất hoặc bị hư hỏng trong thời gian còn hiệu lực nhưng không thuộc trường hợp còn 45 ngày nêu trên, doanh nghiệp gửi văn bản đến Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh cấp lại Giấy chứng nhận cho doanh nghiệp. Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ khi nhận được đề nghị của doanh nghiệp, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có trách nhiệm cấp lại Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao và gửi cho doanh nghiệp.

 Doanh nghiệp bị thu hồi Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao thuộc một trong các trường hợp sau đây: Dừng hoạt động sản xuất kinh doanh liên tục từ 12 tháng trở lên trong thời hạn có hiệu lực của Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao đã được cấp; giả mạo hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao; vi phạm một trong các Điều cấm của Luật công nghệ cao; trong quá trình hoạt động không còn đáp ứng một trong các điều kiện của doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao. Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ra quyết định thu hồi Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, gửi thông báo đến doanh nghiệp bị thu hồi Giấy chứng nhận, cơ quan thuế thuộc tỉnh và thông tin rộng rãi quyết định thu hồi trên trang thông tin điện tử của tỉnh.