Nghị định này áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân có hoạt động liên quan đến tiếp cận để sử dụng nguồn gen nhằm mục đích nghiên cứu hoặc phát triển sản phẩm thương mại.

Nghị định quy định, Nhà nước Việt Nam thực hiện chủ quyền đối với toàn bộ nguồn gen trên lãnh thổ quốc gia. Bên tiếp cận là tổ chức, cá nhân nước ngoài chỉ được thực hiện hoạt động tiếp cận nguồn gen khi được cơ quan nhà nước có thẩm quyền của Việt Nam cấp phép. Nhà nước khuyến khích các tổ chức, cá nhân Việt Nam thực hiện các hoạt động nghiên cứu và phát triển nguồn gen. Việc chia sẻ lợi ích từ sử dụng nguồn gen phải đảm bảo công bằng, hợp lý giữa các bên có liên quan và góp phần quản lý hiệu quả tài nguyên sinh học, thúc đẩy các quá trình nghiên cứu khoa học và thương mại hóa nguồn gen, chú trọng đến vai trò của cộng đồng địa phương trong việc bảo tồn và sử dụng bền vững tài nguyên di truyền.

Cũng theo Nghị định, các lợi ích từ việc sử dụng nguồn gen bao gồm lợi ích bằng tiền hoặc lợi ích không bằng tiền.

Theo đó, các lợi ích bằng tiền, bao gồm: Tiền thu thập mẫu vật di truyền; tiền bản quyền; tiền nhượng quyền thương mại; các khoản tiền thanh toán một lần hoặc theo đợt theo thỏa thuận; các lợi ích bằng tiền khác phát sinh trong quá trình sử dụng nguồn gen.

Tỷ lệ chia sẻ lợi ích bằng tiền đối với sản phẩm được tạo ra từ quá trình sử dụng nguồn gen không thấp hơn 1% tổng doanh thu hàng năm của sản phẩm đó. Tỷ lệ chia sẻ lợi ích bằng tiền thu được từ việc chuyển giao nguồn gen, dẫn xuất của nguồn gen; sử dụng quyền sở hữu trí tuệ đối với kết quả sáng tạo từ việc sử dụng nguồn gen phải đảm bảo cho Bên cung cấp không thấp hơn 2% tổng giá trị chuyển giao hoặc tổng tiền thu được từ việc sử dụng quyền sở hữu trí tuệ. 

Tổng lợi ích bằng tiền từ việc tiếp cận, sử dụng nguồn gen được chia sẻ cho các bên liên quan như sau: Trường hợp bên cung cấp là Ủy ban nhân dân cấp xã, Ban quản lý khu bảo tồn, Chủ cơ sở lưu giữ, bảo quản nguồn gen thuộc nhà nước quản lý, cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học, cơ sở nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ được nhà nước giao quản lý được chia sẻ 30% lợi ích bằng tiền theo quy định của Nghị định; 70% lợi ích bằng tiền thu được còn lại nộp vào ngân sách nhà nước để sử dụng cho hoạt động bảo tồn và sử dụng bền vững đa dạng sinh học; Trường hợp bên cung cấp là tổ chức, hộ gia đình, cá nhân được giao quản lý nguồn gen được chia sẻ 50% lợi ích bằng tiền theo quy định của Nghị định, 50% lợi ích bằng tiền thu được còn lại nộp vào ngân sách nhà nước để sử dụng cho hoạt động bảo tồn và sử dụng bền vững đa dạng sinh học.