Thông tư quy định về miễn tiền sử dụng đất, tiền thuê đất đối với dự án xây dựng nhà ở xã hội không sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước; hoàn trả lại hoặc khấu trừ vào nghĩa vụ tài chính phải nộp cho nhà nước của chủ đầu tư dự án xây dựng nhà ở xã hội; xác định tiền sử dụng đất phải nộp khi bán nhà ở xã hội. 

Miễn tiền sử dụng đất, tiền thuê đất được áp dụng đối với toàn bộ diện tích đất đã được Nhà nước giao, cho thuê để đầu tư xây dựng nhà ở xã hội, bao gồm cả quỹ đất để đầu tư xây dựng công trình kinh doanh thương mại đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt trong phạm vi dự án xây dựng nhà ở xã hội; toàn bộ diện tích đất để đầu tư xây dựng nhà ở xã hội sử dụng quỹ đất 20% của các dự án phát triển nhà ở thương mại, dự án đầu tư phát triển đô thị theo quy định của pháp luật về nhà ở, bao gồm cả phần diện tích đất 20% để đầu tư xây dựng công trình kinh doanh thương mại được cấp có thẩm quyền phê duyệt trong phạm vi dự án xây dựng nhà ở xã hội. Bên cạnh đó, chủ đầu tư thực hiện dự án đầu tư xây dựng nhà ở xã hội phải thực hiện các thủ tục để được miễn tiền sử dụng đất, tiền thuê đất theo quy định của pháp luật về đất đai.

Việc hoàn trả lại hoặc khấu trừ vào nghĩa vụ tài chính phải nộp cho nhà nước của chủ đầu tư dự án đầu tư xây dựng nhà ở xã hội phải đảm bảo nguyên tắc: Chủ đầu tư được xem xét hoàn trả lại hoặc khấu trừ vào nghĩa vụ tài chính (tiền sử dụng đất hoặc tiền thuê đất) phải nộp Nhà nước đối với số tiền sử dụng đất đã nộp khi Nhà nước giao đất hoặc đã nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hợp pháp từ các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân mà phần diện tích đó được xây dựng nhà ở xã hội trong trường hợp Chủ đầu tư thực hiện các dự án đầu tư khác (không phải là dự án xây dựng nhà ở xã hội) trên cùng địa bàn tỉnh nơi có dự án xây dựng nhà ở xã hội.

Việc nộp tiền sử dụng đất của người mua, thuê mua nhà ở xã hội khi được phép bán lại nhà ở xã hội được xác định: Trường hợp bán nhà ở xã hội là căn hộ nhà chung cư thì người bán phải nộp cho ngân sách nhà nước 50% tiền sử dụng đất được phân bổ cho căn hộ đó; Trường hợp bán nhà ở xã hội là nhà ở thấp tầng liền kề phải nộp 100% tiền sử dụng đất.

Để xác định tiền sử dụng đất phải nộp đối với bán nhà ở xã hội là chung cư cần phụ thuộc vào tỷ lệ phần trăm tiền sử dụng đất phải nộp, diện tích đất, giá đất và hệ số phân bổ tiền sử dụng đất cho căn hộ. Đối với trường hợp bán nhà ở xã hội là nhà ở thấp tầng liền kề thì phụ thuộc vào giá đất và diện tích đất. Giá đất để tính tiền sử dụng đất được xác định theo giá đất ở do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quy định tại Bảng giá đất nhân (x) với hệ số điều chỉnh giá đất tại thời điểm người mua, thuê mua bán lại nhà ở xã hội.