Quy chế quy định về xây dựng kế hoạch; huy động, phân bổ và sử dụng nguồn vốn; tổ chức, điều phối; theo dõi, kiểm tra và đánh giá trong quản lý, điều hành thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia.
Các bộ, cơ quan trung ương và địa phương lập Kế hoạch thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 5 năm và Kế hoạch hàng năm. Các Kế hoạch này được lập cùng với kế hoạch phát triển - kinh tế xã hội để tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia.
Nguồn vốn thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia, gồm: Nguồn ngân sách trung ương; nguồn ngân sách địa phương; nguồn lực huy động hợp pháp từ các tổ chức, doanh nghiệp và cộng đồng; nguồn vốn tín dụng; nguồn lồng ghép từ các chương trình, dự án khác. Các bộ, cơ quan trung ương và địa phương thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia chịu trách nhiệm huy động và đảm bảo nguồn lực để hoàn thành mục tiêu, nhiệm vụ của từng chương trình được Thủ tướng Chính phủ giao. Sau khi được cấp có thẩm quyền giao kế hoạch thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia, các cơ quan được giao thực hiện ở các cấp phân bổ chi tiết kế hoạch, dự toán chi thực hiện từng chương trình mục tiêu quốc gia theo từng nội dung, hoạt động; dự án đầu tư thực hiện chương trình gửi cơ quan tài chính cùng cấp để giám sát, thực hiện; đồng thời, lập báo cáo phân bổ kế hoạch gửi cơ quan cấp trên tổng hợp, giám sát.
Việc sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước phải bảo đảm nguyên tắc: Đúng dự toán ngân sách nhà nước được giao cả về tổng mức, chi tiết theo từng nhiệm vụ, nội dung hoạt động; cơ chế chi tiêu tài chính phải đảm bảo các yêu cầu theo quy định của Luật đầu tư công, Luật ngân sách nhà nước, Luật xây dựng, Luật đấu thầu và các văn bản quy phạm pháp luật liên quan. Các cấp được giao thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia thực hiện lồng ghép nguồn vốn từ các chương trình, dự án khác có cùng nội dung, nhiệm vụ với chương trình mục tiêu quốc gia. Nguồn vốn huy động hợp pháp từ các tổ chức, doanh nghiệp và cộng đồng thực hiện phân bổ, sử dụng theo quy định của từng địa phương, không trái với các quy định về phân bổ nguồn vốn tại Luật đầu tư công, Luật ngân sách nhà nước và các văn bản quy phạm pháp luật liên quan.
Chủ chương trình, cơ quan chủ trì dự án thành phần và các bộ, cơ quan trung ương, địa phương thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia có trách nhiệm công khai thông tin về chương trình theo chức năng, nhiệm vụ thông qua một hoặc một số hình thức sau đây: Phát hành văn bản đến các cơ quan liên quan; đăng trên cổng thông tin điện tử của các cơ quan liên quan; thông báo trên phương tiện đại chúng. Thời điểm công khai thông tin chậm nhất 30 ngày làm việc kể từ ngày được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Nội dung công khai gồm: Các văn bản quy phạm pháp luật quy định về quản lý, điều hành, tổ chức thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia; Quyết định đầu tư chương trình mục tiêu quốc gia trong từng giai đoạn; Tiêu chí, định mức phân bổ kinh phí chương trình mục tiêu quốc gia; Báo cáo kết quả thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia và Báo cáo tài chính theo quy định (trong đó phải bao gồm: báo cáo quyết toán sử dụng các nguồn vốn; khối lượng thực hiện và kết quả giải ngân các dự án đầu tư); kết quả thanh tra, kiểm tra, xử lý các vi phạm, các vụ tiêu cực, tham nhũng của cán bộ, công chức tham gia quản lý, điều hành và thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia; các ý kiến phản hồi từ nhân dân và kết quả xử lý ý kiến phản hồi…
Các chương trình mục tiêu quốc gia chịu sự giám sát của cộng đồng. Cơ chế giám sát cộng đồng thực hiện theo hướng dẫn của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam các cấp.