Theo đó, Thông tư quy định những trường hợp được miễn nộp lệ phí; mức thu lệ phí; tổ chức thu, nộp và quản lý lệ phí cho các đối tượng nói trên, cụ thể như sau:

1. Những trường hợp được miễn nộp lệ phí

- Thuyền viên các tàu quân sự nước ngoài đến Việt Nam đi bờ trong phạm vi tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nơi tàu neo đậu; nghỉ qua đêm trên bờ.

- Viên chức ngoại giao, viên chức lãnh sự của Cơ quan đại diện ngoại giao và cơ quan lãnh sự tại Việt Nam xuống tàu để thực hiện chức năng của mình; viên chức, nhân viên của các cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự của các nước có tàu quân sự đến Việt Nam; người nước ngoài là khách mời của thuyền trưởng hoặc cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự của nước có tàu quân sự nước ngoài neo đậu tại cảng.

- Cán bộ, nhân viên của các cơ quan, đơn vị thuộc các Bộ, ngành của Việt Nam, chính quyền địa phương nơi tàu thuyền nước ngoài neo đậu xuống tàu thuyền nước ngoài để làm việc hoặc giao lưu, tham quan theo lời mời của thuyền trưởng hoặc theo chương trình hoạt động của tàu thuyền nước ngoài tại cảng biển Việt Nam.

- Người Việt Nam, nước ngoài xuống tàu thuyền nước ngoài để thực hiện hoạt động liên quan đến công tác cứu trợ hoặc giúp đỡ nhân đạo cho các tổ chức, cá nhân Việt Nam. Những trường hợp được miễn thu lệ phí, cơ quan thu lệ phí phải đóng dấu “Miễn thu lệ phí” (GRATIS) vào giấy tờ đã cấp.

2. Mức thu lệ phí

Lệ phí cấp giấy phép lên bờ (đi bờ) cho thuyền viên nước ngoài: Thuyền viên nước ngoài làm việc trên tàu, thuyền nước ngoài trong thời gian neo đậu tại cảng biển của Việt Nam lên bờ trong thời gian từ 7h00 đến 24h00 trong phạm vi nội tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cửa khẩu cảng biển mà tàu, thuyền neo đậu: 03 USD/Giấy phép.Thuyền viên nước ngoài làm việc trên tàu, thuyền nước ngoài trong thời gian neo đậu tại cảng biển của Việt Nam lên bờ nghỉ qua đêm trên bờ trong phạm vi nội tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nơi có cửa khẩu cảng biển mà tàu, thuyền neo đậu: 05 USD/Giấy phép.

- Lệ phí cấp giấy phép xuống tàu nước ngoài cho người Việt Nam và người nước ngoài xuống tàu, thuyền nước ngoài làm việc (loại giấy phép có giá trị 03 tháng hoặc 12 tháng): 30.000 đồng/Giấy phép (1,5 USD/Giấy phép).

- Lệ phí cấp giấy phép cho người điều khiển phương tiện Việt Nam cặp mạn tàu nước ngoài: 20.000 đồng/Giấy phép.

- Lệ phí cấp giấy phép cho người thực hiện các hoạt động báo chí, nghiên cứu khoa học, tham quan du lịch có liên quan đến tàu, thuyền nước ngoài (có giá trị một lần) cho người Việt Nam và người nước ngoài: Người từ 16 tuổi trở lên: 20.000 đồng/Giấy phép (01 USD/Giấy phép); người dưới 16 tuổi: 10.000 đồng/Giấy phép (0,5 USD/Giấy phép);

 4. Tổ chức thu, nộp và quản lý

- Lệ phí cấp giấy phép lên bờ (đi bờ) cho thuyền viên nước ngoài, giấy phép xuống tàu nước ngoài, giấy phép cho người điều khiển phương tiện Việt Nam cặp mạn tàu nước ngoài và giấy phép cho người Việt Nam và người nước ngoài thực hiện các hoạt động báo chí, nghiên cứu khoa học, tham quan du lịch có liên quan đến tàu, thuyền nước ngoài là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước.

- Cơ quan thu lệ phí nộp 100% (một trăm phần trăm) tổng số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Mục lục Ngân sách nhà nước hiện hành. Nguồn chi phí trang trải cho việc thu lệ phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của cơ quan thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.

- Cơ quan thu lệ phí thực hiện kê khai, nộp lệ phí theo tháng, quyết toán lệ phí năm theo quy định pháp luật quản lý thuế.