Nghị định này quy định chi tiết về tổ chức, sử dụng vùng trời; cấp phép bay; phối hợp quản lý hoạt động bay dân dụng và quân sự; quản lý hoạt động bay tại cảng hàng không, sân bay và quản lý hoạt động bay đặc biệt tại Việt Nam.

Theo đó, Nghị định quy định  đường hàng không bao gồm đường hàng không quốc tế, đường hàng không nội địa, được thiết lập trên cơ sở nhu cầu giao lưu hàng không quốc tế; yêu cầu hoạt động bay nội địa; yêu cầu, khả năng cung cấp các dịch vụ bảo đảm hoạt động bay, bảo đảm an ninh, an toàn hàng không và yêu cầu, khả năng quản lý và bảo vệ vùng trời; bảo đảm quốc phòng và an ninh quốc gia. Phù hợp với quy hoạch phát triển ngành hàng không dân dụng Việt Nam và kế hoạch không vận của Tổ chức Hàng không dân dụng quốc tế (ICAO).

Đường hàng không quốc tế được sử dụng cho chuyến bay quốc tế và chuyến bay nội địa. Đường hàng không nội địa được sử dụng cho chuyến bay nội địa. Bộ Giao thông vận tải quyết định việc sử dụng thường xuyên đường hàng không nội địa cho các chuyến bay quốc tế khi có nhu cầu, sau khi có ý kiến thống nhất của Bộ Quốc phòng và thông báo ngay cho Bộ Công an. Cơ quan cấp phép bay cho phép các chuyến bay quốc tế sử dụng đường hàng không nội địa trên cơ sở ý kiến thống nhất của Cục Tác chiến và Cục Hàng không Việt Nam.

Nghị định quy định thiết lập, điều chỉnh, hủy bỏ, công bố khu vực cấm bay, khu vực hạn chế bay: Bộ Quốc phòng thống nhất với Bộ Giao thông vận tải việc thiết lập, điều chỉnh, huỷ bỏ khu vực cấm bay, khu vực hạn chế bay nhằm mục đích bảo đảm quốc phòng, an ninh, an toàn xã hội; trình Thủ tướng Chính phủ quyết định. Trong trường hợp quyết định cấm bay hoặc hạn chế bay tạm thời, Bộ Tổng Tham mưu thông báo ngay cho Quân chủng Phòng không - Không quân, Cục Hàng không Việt Nam và Trung tâm quản lý luồng không lưu; các quyết định trên có hiệu lực ngay. Trung tâm quản lý luồng không lưu thông báo ngay cho các cơ quan, đơn vị có liên quan để phối hợp tổ chức triển khai thực hiện; Trung tâm Thông báo tin tức hàng không phát Điện văn thông báo hàng không (NOTAM) phù hợp về khu vực cấm bay, khu vực hạn chế bay đã được thiết lập, hủy bỏ. Cục Hàng không Việt Nam thông báo cho Tổ chức Hàng không dân dụng quốc tế (ICAO), các cơ quan, đơn vị có liên quan và công bố trong Tập thông báo tin tức hàng không (AIP) của Việt Nam về khu vực cấm bay, khu vực hạn chế bay đã được thiết lập, điều chỉnh và hủy bỏ theo quy định.

Cũng theo Nghi định này, việc lập và thực hiện kế hoạch hoạt động bay được thực hiện như sau: Trung tâm quản lý luồng không lưu lập kế hoạch hoạt động bay dân dụng theo mùa, theo ngày và gửi cho Trung tâm Quản lý điều hành bay quốc gia, Cục Hàng không Việt Nam.

Trung tâm Quản lý điều hành bay quốc gia tổng hợp kế hoạch hoạt động bay theo ngày chung trong cả nước và triển khai đến các đơn vị quản lý vùng trời, quản lý bay thuộc Bộ Quốc phòng; thực hiện quản lý, điều hành kế hoạch hoạt động bay chung trong cả nước; gửi kế hoạch hoạt động bay quân sự liên quan đến hoạt động bay dân dụng cho Trung tâm quản lý luồng không lưu.

Trung tâm quản lý luồng không lưu có trách nhiệm tổng hợp kế hoạch hoạt động bay dân dụng, kế hoạch hoạt động bay quân sự liên quan và gửi cho Cảng vụ hàng không, cơ sở cung cấp dịch vụ không lưu và người khai thác cảng hàng không, sân bay liên quan. Người khai thác cảng hàng không, sân bay có trách nhiệm triển khai kế hoạch hoạt động bay đến các cơ quan, đơn vị và doanh nghiệp cung cấp dịch vụ liên quan tại cảng hàng không, sân bay.

Việc tổ chức vùng trời, xây dựng phương thức bay phục vụ cho hoạt động quân sự ảnh hưởng đến hoạt động bay dân dụng phải bảo đảm hiệu quả việc sử dụng vùng trời, an toàn và sử dụng tối ưu, hệ thống thiết bị bảo đảm hoạt động bay; có tính tới sự hài hòa giữa phát triển kinh tế và bảo đảm an ninh quốc phòng; trên cơ sở thống nhất giữa Bộ Quốc phòng và Bộ Giao thông vận tải.