Theo Thông tư, đối tượng thủy sản nuôi, vùng nuôi cần giám sát được xác định như sau:

1. Tiêu chí để xác định 01 (một) đối tượng thủy sản nuôi cần giám sát trong Chương trình giám sát dư lượng bao gồm: thông tin về sản lượng thương phẩm, giá trị kinh tế và định hướng quy hoạch phát triển của loài thủy sản nuôi này trong các năm tiếp theo;

2. Tiêu chí để xác định 01 (một) vùng nuôi trong Chương trình giám sát dư lượng là khu vực nuôi trồng thủy sản sử dụng chung nguồn nước cấp có cùng nguy cơ về ô nhiễm (kim loại nặng, thuốc bảo vệ thực vật…); nằm trên cùng một địa giới hành chính cấp huyện; phù hợp với quy hoạch nuôi trồng thủy sản của tỉnh và của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Cơ quan giám sát có đủ nguồn lực và bảo đảm khả thi trong việc triển khai Chương trình giám sát dư lượng tại địa phương;

3. Mã số vùng nuôi được quy định thống nhất;

4. Vùng nuôi được giám sát phải được vẽ bản đồ, mô tả cụ thể theo Sổ tay hướng dẫn thiết lập, thực hiện Chương trình giám sát dư lượng do Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản ban hành và được cập nhật khi có sự điều chỉnh, bổ sung.