Theo đó, việc xử lý vi phạm hành chính phải đáp ứng  04 nguyên tắc xử lý vi phạm hành chính sau:

1. Tổ chức, cá nhân vi phạm quy định về trách nhiệm tổ chức, quản lý hoạt động kinh doanh vận tải bằng xe ô tô và dịch vụ hỗ trợ vận tải đường bộ khi bị phát hiện lần đầu thì bị nhắc nhở, chấn chỉnh, yêu cầu khắc phục; trường hợp không khắc phục theo đúng yêu cầu hoặc vi phạm từ lần thứ hai trở lên trong thời hạn 01 năm, kể từ khi vi phạm lần đầu thì sẽ bị xử lý theo quy định tại Thông tư này.

2. Cơ quan, người có thẩm quyền nhắc nhở, chấn chỉnh, yêu cầu khắc phục vi phạm của tổ chức, cá nhân phải bằng văn bản và nêu rõ hành vi vi phạm, thời hạn yêu cầu khắc phục vi phạm.

3. Các hình thức xử lý vi phạm quy định tại Thông tư này không thay thế cho các hình thức xử phạt vi phạm hành chính khác theo quy định của pháp luật.

4. Dữ liệu trích xuất từ thiết bị giám sát hành trình của phương tiện chỉ sử dụng 01 lần để tính lỗi vi phạm của đơn vị kinh doanh vận tải.

Mức xử lý vi phạm đối với từng hành vi vi phạm của đơn vị kinh doanh vận tải cụ thể:

a. Đình chỉ khai thác tuyến 01 tháng đối với doanh nghiệp, hợp tác xã kinh doanh vận tải hành khách theo tuyến cố định vi phạm một trong các trường hợp được quy định tại Thông tư này.

b. Đình chỉ khai thác tuyến 03 tháng đối với doanh nghiệp, hợp tác xã kinh doanh vận tải hành khách theo tuyến cố định vi phạm một trong các trường hợp được quy định tại Thông tư này.

3. Thu hồi phù hiệu, biển hiệu 06 tháng đối với xe ô tô kinh doanh vận tải, xe trung chuyển của đơn vị kinh doanh vận tải vi phạm các trường hợp được quy định tại Thông tư này.

4. Thu hồi phù hiệu, biển hiệu 01 tháng của phương tiện vi phạm đối với một trong các trường hợp được quy định tại Thông tư này.

5. Đình chỉ hoạt động của đơn vị kinh doanh vận tải từ 01 tháng đến 03 tháng khi đơn vị để xảy ra các vi phạm được quy định tại Thông tư này.