Theo đó, đối với quy trình gửi tài liệu, vật mang bí mật Nhà nước, sau khi đã vào sổ, lập phiếu gửi, khi làm bì phải lưu ý không được viết chữ hoặc đóng dấu Mật, Tối mật, Tuyệt mật ở ngoài bì mà chỉ sử dụng dấu ký hiệu đóng ngoài bì. Cụ thể tài liệu có độ “Mật” đóng dấu chữ "C"; tài liệu có độ "Tối mật" đóng dấu chữ "B”; trường hợp tài liệu có độ “Tuyệt mật” thì được gửi bằng 02 phong bì gồm: Bì trong do đơn vị soạn thảo văn bản làm, dán kín và ghi rõ số, ký hiệu của tài liệu, tên người nhận, đóng dấu "Tuyệt mật" và bì ngoài do bộ phận văn thư, lưu trữ của cơ quan ghi như tài liệu thường và đóng dấu ký hiệu chữ “A”. Bì đựng tài liệu mật gửi đi không được gửi chung trong một phong bì với tài liệu thường; giấy làm bì phải là loại giấy dai, khó bóc, khó thấm nước, không nhìn thấu qua được; gấp bì theo mối chéo, hồ dán phải dính, khó bóc.

Ngoài ra, Thông tư cũng quy định về quy trình nhận tài liệu, vật mang bí mật Nhà nước: Sau khi vào sổ “Tài liệu mật đến”, nếu bì trong có dấu "chỉ người có tên mới được bóc bì" thì vào sổ và chuyển ngay đến người có tên trên bì hoặc chuyển đến người có trách nhiệm giải quyết (nếu người có tên đi vắng, văn thư không được bóc bì). Trường hợp tài liệu mật được gửi đến mà không thực hiện đúng thủ tục bảo mật thì chuyển đến người có trách nhiệm giải quyết, đồng thời báo lại nơi gửi để rút kinh nghiệm. Nếu phát hiện tài liệu mật gửi đến có dấu hiệu bị bóc, mở bì hoặc tài liệu bị trao đổi, mất, hư hỏng, thì người nhận phải báo ngay với thủ trưởng cơ quan, đơn vị để có biện pháp xử lý kịp thời. Khi nhận tài liệu mật, nơi nhận phải hoàn ngay phiếu gửi cho nơi đã gửi tài liệu./.