Theo Thông tư quy định, trong quá trình quản lý, theo dõi, nếu các cơ quan nhà nước có thẩm quyền phát hiện người sử dụng đất đã được miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước, nhưng không đáp ứng các điều kiện để được miễn, giảm tiền thuê đất có nguyên nhân từ phía người sử dụng đất hoặc sử dụng đất không đúng mục đích đã được ghi tại quyết định cho thuê đất, hợp đồng thuê đất nhưng không thuộc trường hợp bị thu hồi đất theo quy định của pháp luật về đất đai thì cơ quan thuế xác định, báo cáo UBND cấp tỉnh (đối với tổ chức, người Việt Nam định cư ở nước ngoài, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài) hoặc báo cáo UBND cấp huyện (đối với hộ gia đình, cá nhân) quyết định thu hồi số tiền thuê đất được miễn, giảm theo quy định về chính sách và giá đất tại thời điểm được miễn, giảm tiền thuê đất cộng thêm tiền chậm nộp tính trên số tiền thuê đất được miễn, giảm theo mức quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Cũng theo Thông tư, việc giảm tiền thuê đất để sử dụng vào mục đích nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thuỷ sản, làm muối mà bị thiên tai, hoả hoạn làm thiệt hại  được thực hiện như sau: nếu thiệt hại dưới 40% sản lượng, được xét giảm tiền thuê đất theo tỷ lệ % tương ứng với tỷ lệ % thiệt hại; Nếu thiệt hại từ 40% sản lượng trở lên, được xét miễn tiền thuê đất đối với năm bị thiệt hại. Tỷ lệ % sản lượng thiệt hại được căn cứ theo sản lượng thu hoạch của vụ thu hoạch trong điều kiện sản xuất bình thường của vụ sản xuất liền kề trước đó hoặc của vụ thu hoạch gần nhất sản xuất trong điều kiện bình thường trước đó và do cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác định.