Theo đó, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quyết định cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép hoạt động đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thuộc Bộ Quốc phòng. Trong một số trường hợp cụ thể, căn cứ vào hồ sơ báo cáo của Hội đồng thẩm định, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng có thể ủy quyền cho Cục trưởng Cục Quân y quyết định cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép hoạt động đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thuộc Bộ Quốc phòng.
Trình tự cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép hoạt động đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thuộc Bộ Quốc Phòng được thực hiện như sau: Cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thuộc Bộ Quốc phòng chuẩn bị 01 bộ hồ sơ đề nghị cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép hoạt động theo quy định và gửi về bộ phận thường trực Tổ thẩm định hồ sơ.
Trong thời hạn 45 ngày (đối với trường hợp cấp hoặc điều chỉnh giấy phép hoạt động), 15 ngày (đối với trường hợp đề nghị cấp lại giấy phép hoạt động), kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, Tổ thẩm định hồ sơ tổ chức thẩm định và kiểm tra điều kiện đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh. Nếu đủ điều kiện thì gửi về Cơ quan thường trực Hội đồng thẩm định. Trường hợp chưa đủ điều kiện, trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, Tổ thẩm định hồ sơ có văn bản thông báo cho cơ sở khám bệnh, chữa bệnh để hoàn chỉnh hồ sơ. Văn bản thông báo phải nêu cụ thể nội dung cần bổ sung, sửa đổi.
Trong thời hạn 45 ngày (đối với trường hợp cấp hoặc điều chỉnh giấy phép hoạt động), 15 ngày (đối với trường hợp cấp lại giấy phép hoạt động) kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, Hội đồng thẩm định tiến hành thẩm định, xét duyệt. Nếu hơ sơ đủ điều kiện, không có yêu cầu bổ sung thì Hội đồng thẩm định đề nghị Bộ trưởng Bộ Quốc phòng cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép hoạt động. Trường hợp chưa đủ điều kiện, trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, Hội đồng thẩm định phải có văn bản thông báo cho cơ sở khám bệnh, chữa bệnh đề nghị cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép hoạt động để hoàn chỉnh hồ sơ. Văn bản thông báo phải nêu cụ thể nội dung cần bổ sung, sửa đổi.