Theo đó, việc gia hạn nộp thuế thu nhập doanh nghiệp được thực hiện như sau:
1. Gia hạn 09 tháng thời hạn nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của năm 2010 trở về trước mà đến ngày 10/5/2012 doanh nghiệp chưa nộp Ngân sách Nhà nước của các doanh nghiệp:
a) Doanh nghiệp nhỏ và vừa (bao gồm cả hợp tác xã), không bao gồm doanh nghiệp nhỏ và vừa kinh doanh trong các lĩnh vực: xổ số, chứng khoán, tài chính, ngân hàng, bảo hiểm, sản xuất hàng hóa, dịch vụ thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt và doanh nghiệp được xếp hạng 1, hạng đặc biệt thuộc các Tập đoàn kinh tế, Tổng công ty.
b) Doanh nghiệp trong lĩnh vực sản xuất, gia công, chế biến: nông sản, lâm sản, thuỷ sản, dệt may, da giày, linh kiện điện tử; xây dựng các công trình hạ tầng kinh tế - xã hội có sử dụng nhiều lao động.
c) Doanh nghiệp sản xuất sản phẩm cơ khí là tư liệu sản xuất, vận tải đường thủy (bao gồm cả vận tải thủy nội địa và vận tải biển), sản xuất thép, xi măng; Doanh nghiệp nhỏ và vừa trong lĩnh vực kinh doanh bất động sản.
Không tính phạt chậm nộp trong thời gian kể từ ngày 01/01/2012 đến hết ngày 30/09/2012 đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp chưa nộp ngân sách nhà nước của các doanh nghiệp quy định tại Khoản này. Trường hợp cơ quan thuế đã thông báo số tiền phạt chậm nộp thì cơ quan thuế thực hiện thông báo lại số tiền phạt chậm nộp .
Ngày 01/10/2012, các doanh nghiệp phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số thuế đã được gia hạn theo quy định tại Khoản này.
Trước ngày 01/10/2012, doanh nghiệp được cơ quan có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ gia hạn theo quy định tại Khoản này lớn hơn so với số thuế doanh nghiệp tự kê khai hoặc chưa kê khai thì doanh nghiệp được gia hạn số thuế thu nhập doanh nghiệp phát hiện tăng thêm đến hết ngày 30/09/2012 và không tính phạt chậm nộp trong khoảng thời gian từ ngày 01/01/2012 đến hết ngày 30/09/2012.
Từ ngày 01/10/2012, doanh nghiệp được cơ quan có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ gia hạn theo quy định tại Khoản này lớn hơn so với số thuế doanh nghiệp tự kê khai hoặc chưa kê khai thì không tính phạt nộp chậm đối với số thuế phát hiện tăng thêm trong khoảng thời gian từ ngày 01/01/2012 đến hết ngày 30/09/2012.
2. Gia hạn 09 tháng thời hạn nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của năm 2011 mà doanh nghiệp chưa nộp Ngân sách Nhà nước của doanh nghiệp sản xuất sản phẩm cơ khí là tư liệu sản xuất, vận tải đường thủy (bao gồm cả vận tải thủy nội địa và vận tải biển), sản xuất thép, xi măng (trừ doanh nghiệp nhỏ và vừa kinh doanh trong lĩnh vực này); Doanh nghiệp nhỏ và vừa trong lĩnh vực kinh doanh bất động sản.
Không  tính phạt chậm nộp trong thời gian kể từ ngày 01/04/2012 đến hết ngày 31/12/2012 đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp chưa nộp ngân sách nhà nước của các doanh nghiệp quy định tại Khoản này. Trường hợp cơ quan thuế đã thông báo số tiền phạt chậm nộp thì cơ quan thuế phải thực hiện thông báo lại số tiền phạt chậm nộp.
Ngày 02/01/2013, các doanh nghiệp phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số thuế đã được gia hạn theo quy định tại Khoản này.
Trước ngày 01/01/2013, doanh nghiệp được cơ quan có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ gia hạn theo quy định tại Khoản này lớn hơn so với số thuế doanh nghiệp tự kê khai hoặc chưa kê khai thì doanh nghiệp được gia hạn số thuế thu nhập doanh nghiệp phát hiện tăng thêm đến hết ngày 31/12/2012 và không tính phạt chậm nộp trong khoảng thời gian từ ngày 01/04/2012 đến hết ngày 31/12/2012.
Từ ngày 01/01/2013, doanh nghiệp được cơ quan có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ gia hạn theo quy định tại Khoản này lớn hơn so với số thuế doanh nghiệp tự kê khai hoặc chưa kê khai thì không tính phạt nộp chậm đối với số thuế phát hiện tăng thêm trong khoảng thời gian từ ngày 01/04/2012 đến hết ngày 31/12/2012.
3. Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp năm 2011 của doanh nghiệp nhỏ và vừa (trừ doanh nghiệp nhỏ và vừa trong lĩnh vực kinh doanh bất động sản); Doanh nghiệp trong lĩnh vực sản xuất, gia công, chế biến: nông sản, lâm sản, thuỷ sản, dệt may, da giày, linh kiện điện tử; xây dựng các công trình hạ tầng kinh tế - xã hội có sử dụng nhiều lao động được thực hiện gia hạn nộp thuế theo Quyết định số 21/2011/QĐ-TTg, Quyết định số 54/2011/QĐ-TTg, Quyết định số 04/2012/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.
4. Các doanh nghiệp được gia hạn nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 nêu trên nếu đang bị cưỡng chế thi hành Quyết định hành chính thuế do nợ thuế thu nhập doanh nghiệp thì tạm thời chưa thực hiện cưỡng chế thuế trong khoảng thời gian được gia hạn nộp thuế thu nhập doanh nghiệp.
5. Doanh nghiệp nhỏ và vừa hoạt động kinh doanh trong các lĩnh vực: xổ số, chứng khoán, tài chính, ngân hàng, bảo hiểm, sản xuất hàng hoá, dịch vụ thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt (kể cả trường hợp có hoạt động kinh doanh khác); Doanh nghiệp được xếp hạng 1, hạng đặc biệt thuộc Tập đoàn kinh tế, Tổng công ty; Tổ chức kinh tế là đơn vị sự nghiệp không thuộc đối tượng được gia hạn nộp thuế thu nhập doanh nghiệp.
Doanh nghiệp trong lĩnh vực sản xuất, gia công, chế biến: nông sản, lâm sản, thuỷ sản, dệt may, da giày, linh kiện điện tử; xây dựng các công trình hạ tầng kinh tế - xã hội có sử dụng nhiều lao động; doanh nghiệp sản xuất sản phẩm cơ khí là tư liệu sản xuất, vận tải đường thủy (bao gồm cả vận tải thủy nội địa và vận tải biển), sản xuất thép, xi măng có các hoạt động kinh doanh khác (ngoài hoạt động kinh doanh trong các lĩnh vực: xổ số, chứng khoán, tài chính, ngân hàng, bảo hiểm, sản xuất hàng hoá, dịch vụ thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt) thì vẫn được gia hạn đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp chưa nộp ngân sách nhà nước theo quy định.
6. Doanh nghiệp được gia hạn nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định là doanh nghiệp được thành lập và hoạt động theo pháp luật Việt Nam; thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và nộp thuế theo kê khai.
7. Doanh nghiệp thuộc đối tượng được gia hạn theo quy định phải lập Phụ lục số 2 (ban hành kèm theo Thông tư này) và gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp, trong đó xác định rõ: Trường hợp doanh nghiệp thuộc đối tượng được gia hạn nộp thuế thu nhập doanh nghiệp và số thuế thu nhập doanh nghiệp được gia hạn nộp thuế.