Theo đó, Thông tư quy định kể từ ngày 08 tháng 02 năm 2021 đến hết ngày 31 tháng 12 năm 2021:

          1. Mức thu phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt được xác định là 4% trên doanh thu kinh doanh vận tải đường sắt.

          2. Doanh nghiệp kinh doanh vận tải đường sắt thực hiện kê khai, nộp phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt theo tháng, quyết toán năm theo quy định tại Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; nộp 100% số tiền phí vào ngân sách nhà nước (ngân sách trung ương) theo chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.

          3. Kể từ ngày 01/01/2022 trở đi, phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt được thực hiện theo quy định tại Thông tư số 295/2016/TT-BTC ngày 15 tháng 11 năm 2016 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt (mức thu phí là 8%).