Thông tư này áp dụng đối với ban chỉ huy quân sự bộ, ngành Trung ương; cơ quan quân sự địa phương các cấp; ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức; đơn vị Dân quân tự vệ. Cơ quan, đơn vị thuộc Bộ Quốc phòng, bộ, ngành Trung ương, ủy ban nhân dân các cấp và cơ quan, tổ chức, đơn vị, cá nhân có liên quan.

Một trong những nội dung chính của Thông tư quy định mối quan hệ công tác của ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức:

- Quan hệ với đảng ủy (chi bộ) cùng cấp là quan hệ phục tùng sự lãnh đạo, chỉ đạo về công tác quốc phòng, quân sự ở cơ quan, tổ chức.

- Quan hệ với người đứng đầu cơ quan, tổ chức (trường hợp chỉ huy trưởng là cấp phó của người đứng đầu) là quan hệ phục tùng sự chỉ đạo, quản lý, điều hành về công tác quốc phòng, quân sự theo thẩm quyền.

- Quan hệ với bộ tư lệnh quân khu, cơ quan quân sự địa phương cấp tỉnh, cấp huyện, ban chỉ huy quân sự bộ, ngành Trung ương thuộc ngành, lĩnh vực quản lý, ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ngành dọc cấp trên là quan hệ phục tùng sự chỉ đạo, hướng dẫn về công tác quốc phòng, quân sự theo thẩm quyền.

- Quan hệ giữa ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức do cấp tỉnh quản lý đứng chân hoặc hoạt động trên địa bàn cấp huyện, cấp xã với ban chỉ huy quân sự cấp huyện, ban chỉ huy quân sự cấp xã và cơ quan, tổ chức, đơn vị liên quan là quan hệ phối hợp, hiệp đồng công tác.

- Quan hệ giữa ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức do cấp huyện quản lý đứng chân hoặc hoạt động trên địa bàn cấp xã với ban chỉ huy quân sự cấp xã là quan hệ phối hợp, hiệp đồng công tác.

 Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/7/2020 và thay thế Thông tư số 79/2016/TT-BQP ngày 16/6/2016 của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quy định mối quan hệ công tác của cán bộ ban chỉ huy quân sự xã, phường, thị trấn, ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở; chức trách, nhiệm vụ, mối quan hệ công tác của cán bộ ban chỉ huy quân sự bộ, ngành Trung ương, ban chỉ huy quân sự xã, phường, thị trấn, ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở, chỉ huy đơn vị Dân quân tự vệ.