Theo đó, việc công nhận cơ sở giáo dục đại học định hướng nghiên cứu gắn kết chặt chẽ giữa đào tạo với hoạt động nghiên cứu khoa học phải đạt các tiêu chí sau: Đã công bố định hướng phát triển thành cơ sở giáo dục đại học nghiên cứu trong sứ mạng, tầm nhìn và mục tiêu của cơ sở giáo dục đại học; được công nhận đạt chuẩn kiểm định chất lượng giáo dục; Có đơn vị thuộc, trực thuộc nghiên cứu khoa học cơ bản, nghiên cứu phát triển công nghệ nguồn; có tỷ lệ ngành đang đào tạo trình độ thạc sĩ, tiến sĩ đạt từ 50% trở lên so với tổng số ngành đang đào tạo cấp bằng; trong 3 năm gần nhất, có quy mô tuyển sinh trình độ thạc sĩ, tiến sĩ trung bình không thấp hơn 20% tổng quy mô tuyển sinh và cấp trung bình từ 20 bằng tiến sĩ trở lên trong một năm; Trong 3 năm gần nhất, tỷ trọng nguồn thu trung bình từ các hoạt động khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo, nghiên cứu, chuyển giao không thấp hơn 15% tổng thu của cơ sở giáo dục đại học; Trong 3 năm gần nhất, cơ sở giáo dục đại học công bố trung bình mỗi năm từ 100 bài báo trở lên và đạt tỷ lệ trung bình một giảng viên cơ hữu công bố mỗi năm từ 0,3 bài trở lên trên các tạp chí khoa học có uy tín trên thế giới. Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo quyết định danh mục tạp chí khoa học có uy tín làm cơ sở công nhận tiêu chí này; Tỷ lệ sinh viên trên giảng viên không quá 20; tỷ lệ giảng viên cơ hữu có trình độ tiến sĩ không thấp hơn 50% tổng số giảng viên cơ hữu của cơ sở giáo dục đại học; tỷ lệ giảng viên có chức danh giáo sư, phó giáo sư không thấp hơn 20% tổng giảng viên cơ hữu có trình độ tiến sĩ của cơ sở giáo dục đại học; Giảng viên cơ hữu, cán bộ quản lý cơ hữu của trường đại học công lập là giảng viên, cán bộ được tuyển dụng, sử dụng và quản lý theo quy định về số lượng người làm việc và vị trí việc làm trong đơn vị sự nghiệp công lập.Giảng viên cơ hữu, cán bộ quản lý cơ hữu của trường đại học tư thục, trường đại học tư thục hoạt động không vì lợi nhuận là người lao động ký hợp đồng lao động có thời hạn 3 năm hoặc hợp đồng không xác định thời hạn theo Bộ luật Lao động, không là công chức hoặc viên chức nhà nước, không đang làm việc theo hợp đồng lao động có thời hạn từ 3 tháng trở lên với đơn vị sử dụng lao động khác; do trường đại học trả lương và chi trả các khoản khác thuộc chế độ, chính sách đối với người lao động theo các quy định hiện hành. Cơ sở giáo dục đại học định hướng nghiên cứu được ưu tiên thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ.

Ngoài ra, Nghị định cũng quy định hệ thống văn bằng giáo dục đại học bao gồm: Bằng cử nhân cấp cho người tốt nghiệp chương trình đào tạo trình độ đại học theo quy định của pháp luật, đáp ứng yêu cầu chuẩn đầu ra bậc 6 theo Khung trình độ quốc gia Việt Nam và các quy định cụ thể, hợp pháp của cơ sở đào tạo; Bằng thạc sĩ cấp cho người tốt nghiệp chương trình đào tạo trình độ thạc sĩ theo quy định của pháp luật, đáp ứng yêu cầu chuẩn đầu ra bậc 7 theo Khung trình độ quốc gia Việt Nam và các quy định cụ thể, hợp pháp của cơ sở đào tạo; Bằng tiến sĩ cấp cho người tốt nghiệp chương trình đào tạo trình độ tiến sĩ theo quy định của pháp luật, đáp ứng yêu cầu chuẩn đầu ra bậc 8 theo Khung trình độ quốc gia Việt Nam và các quy định cụ thể, hợp pháp của cơ sở đào tạo. Văn bằng đối với một số ngành đào tạo chuyên sâu đặc thù thuộc hệ thống giáo dục đại học bao gồm bằng bác sĩ y khoa, bác sĩ nha khoa, bác sĩ y học cổ truyền, bằng dược sĩ, bằng bác sĩ thú y, bằng kỹ sư, bằng kiến trúc sư, và một số văn bằng khác theo quy định riêng của Chính phủ, được cấp cho người tốt nghiệp chương trình đào tạo theo quy định pháp luật. Chứng chỉ đối với một số ngành đào tạo chuyên sâu đặc thù thuộc hệ thống giáo dục quốc dân được cấp cho người học đã hoàn thành chương trình đào tạo hoặc bồi dưỡng nâng cao trình độ học vấn, nghề nghiệp do bộ, cơ quan ngang bộ quy định hoặc cấp cho người học dự thi đạt yêu cầu cấp chứng chỉ, phù hợp với quy định về cấp chứng chỉ trong hệ thống giáo dục quốc dân.