Về nguyên tắc: Việc phối hợp phải bảo đảm chặt chẽ hiệu quả; phân công cụ thể trách nhiệm phối hợp của các Bộ và Ủy ban nhân dân trong công tác quản lý hoạt động nhập khẩu phế liệu.Hoạt động phối hợp phải dựa trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của các bộ, Ủy ban nhân dân; tuân thủ các quy định tại Quy chế này và theo quy định của pháp luật; bảo đảm đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ công việc, giải quyết kịp thời những vấn đề phát sinh; góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý hoạt động nhập khẩu phế liệu từ nước ngoài vào Việt Nam. Khi phát sinh các vấn đề cần xử lý thuộc thẩm quyền của cơ quan nào thì cơ quan đó chủ trì và các đơn vị khác phối hợp; khi phát sinh vụ việc thuộc thẩm quyền của nhiều cơ quan quản lý thì cơ quan nào thụ lý đầu tiên sẽ chủ trì xử lý.

Theo Quy chế nội dung phối hợp giữa các Bộ và Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, bao gồm:

- Quán triệt, trao đổi, cung cấp thông tin, tài liệu về những quy định của pháp luật, chủ trương, chính sách mới liên quan trực tiếp đến công tác quản lý hoạt động nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu sản xuất thuộc lĩnh vực của đơn vị mình quản lý;

- Phối hợp trong công tác quản lý nhà nước theo lĩnh vực chuyên môn nhằm nâng cao hiệu quả quản lý đối với hoạt động nhập khẩu phế liệu;

- Phối hợp trong công tác thanh tra, kiểm tra các hoạt động nhập khẩu phế liệu khi cần thiết;

- Phối hợp, trao đổi về những phương thức, thủ đoạn hoạt động của các tổ chức, cá nhân vi phạm pháp luật, phục vụ công tác xác minh, điều tra và xử lý vi phạm đối với hoạt động nhập khẩu phế liệu;

- Phối hợp trong công tác phòng ngừa, ngăn chặn, phát hiện và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật trong hoạt động nhập khẩu phế liệu.

Phương thức và cơ chế phối hợp: Tùy từng nội dung phối hợp, việc phối hợp có thể được thực hiện thông qua gửi công văn, thư điện tử; tổ chức họp trao đổi, lấy ý kiến; trao đổi, phối hợp qua điện thoại, fax; cập nhật, chia sẻ các thông tin có liên quan đến hoạt động nhập khẩu phế liệu lên Hệ thống Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng thông tin điện tử của các Bộ; thành lập tổ công tác để xử lý các vấn đề có tính liên ngành và cấp bách.

Việc lựa chọn phương thức phối hợp do các cơ quan, bộ ngành cùng cấp thống nhất, quyết định phù hợp với điều kiện cụ thể tại từng địa bàn, cấp đơn vị.

Các Bộ, ngành và Ủy ban nhân dân cấp tỉnh chịu trách nhiệm về công tác quản lý, kiểm tra, kiểm định hàng hóa là phế liệu nhập khẩu làm nguyên liệu sản xuất theo chức năng, nhiệm vụ được giao; đồng thời phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về các thông tin, kết luận kiểm tra, kiểm định của mình có liên quan đến mặt hàng này trong quá trình phối hợp; xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm quy định pháp luật về quản lý hoạt động nhập khẩu phế liệu và quy định tại Quy chế này; kịp thời xử lý hoặc báo cáo cấp có thẩm quyền về những vấn đề, vướng mắc phát sinh.