Trình tự, thủ tục giải quyết tố cáo được quy định từ Điều 9 đến Điều 19 của Nghị định, cụ thể:

- Thụ lý tố cáo, thông báo việc thụ lý tố cáo: Trước khi thụ lý tố cáo, người giải quyết tố cáo tự mình hoặc giao cơ quan thanh tra nhà nước cùng cấp hoặc cơ quan, tổ chức, cá nhân khác xác minh thông tin về người tố cáo và điều kiện thụ lý tố cáo. Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày ra quyết định thụ lý tố cáo, người giải quyết tố cáo có trách nhiệm thông báo cho người tố cáo và thông báo về nội dung tố cáo cho người bị tố cáo biết.

- Xác minh nội dung tố cáo: Người giải quyết tố cáo tự mình tiến hành xác minh hoặc thành lập Đoàn xác minh tố cáo hoặc Tổ xác minh tố cáo. Trường hợp thành lập Tổ xác minh thì phải có từ hai người trở lên, trong đó giao cho một người làm Tổ trưởng.

- Người giải quyết tố cáo, Tổ xác minh làm việc trực tiếp với người tố cáo, người bị tố cáo; yêu cầu người tố cáo cung cấp thông tin, tài liệu, bằng chứng mà họ có được để làm rõ nội dung tố cáo; yêu cầu người bị tố cáo giải trình bằng văn bản về những nội dung bị tố cáo...

- Xác minh thực tế: Căn cứ vào tình tiết vụ việc hoặc chỉ đạo của người ra quyết định thành lập Tổ xác minh, Tổ xác minh tiến hành xác minh thực tế ở những địa điểm cần thiết để thu thập, kiểm tra, xác định tính chính xác, hợp pháp của các thông tin, tài liệu, bằng chứng liên quan đến nội dung tố cáo;

- Báo cáo kết quả xác minh nội dung tố cáo phải có các nội dung chính sau đây: Tóm tắt nội dung tố cáo; Kết quả xác minh từng nội dung tố cáo; Nội dung giải trình của người bị tố cáo (nếu có); Đề xuất đánh giá về nội dung tố cáo là đúng, đúng một phần hoặc tố cáo sai sự thật; xác định trách nhiệm của từng cơ quan, tổ chức, cá nhân liên quan đến nội dung tố cáo; Kiến nghị xử lý đối với cơ quan, tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm.

Việc bảo vệ người tố cáo được quy định tại Điều 7 và Điều 8 của Nghị định này nêu rõ trách nhiệm của người giải quyết tố cáo khi nhận được văn bản đề nghị áp dụng các biện pháp bảo vệ; trách nhiệm của cơ quan được đề nghị hoặc yêu cầu áp dụng biện pháp bảo vệ.

Xử lý kỷ luật đối với người cán bộ, công chức, viên chức có hành vi vi phạm Luật tố cáo; người có thẩm quyền giải quyết tố cáo; cán bộ, công chức, viên chức biết rõ việc tố cáo là không đúng sự thật quy định tại Điều 21, Điều 22, Điều 23 của Nghị định này.

Cán bộ, công chức, viên chức biết rõ việc tố cáo là không đúng sự thật nhưng vẫn tố cáo nhiều lần hoặc biết vụ việc đã được cơ quan, người có thẩm quyền giải quyết đúng chính sách, pháp luật nhưng vẫn tố cáo nhiều lần mà không có bằng chứng chứng minh nội dung tố cáo; cưỡng ép, lôi kéo, kích động, dụ dỗ, mua chuộc người khác tố cáo sai sự thật; sử dụng họ tên của người khác để tố cáo gây mất đoàn kết nội bộ hoặc ảnh hưởng đến uy tín, hoạt động bình thường của cơ quan, tổ chức, đơn vị thì tùy theo tính chất, mức độ vi phạm sẽ bị xử lý kỷ luật hoặc bị truy cứu trách nhiệm hình sự.