Theo đó, có 13 khoản lệ phí được bãi bỏ trong danh mục cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật, kiểm soát giết mổ, kiểm tra vệ sinh thú y; Cấp phép sản suất kinh doanh thuốc thú y, bao gồm: Cấp giấy chứng nhận vùng, cơ sở an toàn dịch bệnh; cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật vận chuyển; cấp giấy chứng nhận kiểm dịch vận chuyển qua bưu điện, hàng mang theo người; cấp lại giấy chứng nhận kiểm dịch do khách hàng yêu cầu; cấp giấy chứng nhận vệ sinh thú y đối với nơi tập trung động vật, sản phẩm động vật để bốc xếp; cấp giấy chứng nhận vệ sinh thú y; cấp giấy chứng nhận kết quả kiểm nghiệm thuốc thú y, thuốc thú y thủy sản; cấp giấy phép thay đổi nội dung đơn hàng nhập khẩu thuốc thú y, thuốc thú y thủy sản; cấp giấy chứng nhận Phòng xét nghiệm đủ tiêu chuẩn xét nghiệm bệnh động vật; cấp giấy chứng nhận mậu dịch tự do (FSC) để xuất khẩu; cấp giấy chứng nhận lưu hành thuốc thú y, thuốc thú y thủy sản; cấp giấy chứng nhận sửa đổi, bổ sung nội dung giấy phép lưu hành thuốc thú y, thuốc thú y thủy sản (quy cách đóng gói), thay đổi nhãn sản phẩm, bao bì; cấp giấy chứng nhận chất lượng thuốc thú y, hóa chất, chế phẩm sinh học, vi sinh vật dùng trong thú y, thú y thủy sản. Có 01 khoản lệ phí cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật quá cảnh, tạm nhập tái xuất, chuyển khẩu được sửa đổi.

Cũng theo Thông tư quy định các khoản phí phòng chống dịch bệnh cho động vật bị bãi bỏ, bao gồm: Vệ sinh khử trùng, tiêu độc; xử lý các chất phế thải động vật; tạm giữ chó thả rông bị cơ quan thú y bắt; kiểm tra việc đăng ký chó nuôi (hạn 01 năm). Các khoản phí kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật kiểm soát giết mổ, kiểm tra vệ sinh thú y bị bãi bỏ, gồm: thức ăn chăn nuôi và các sản phẩm khác có nguồn gốc động vật; thủy sản, sản phẩm động vật thủy sản: Kiểm soát giết mổ, kiểm tra vệ sinh thú y; vệ sinh tiêu độc trong công tác kiểm dịch; dán tem kiểm tra vệ sinh thú y sản phẩm động vật; đánh dấu gia súc, như: Trứng gia cầm các loại; trứng Đà điểu; trứng cút; trứng tằm; tinh dịch; sản phẩm động vật pha lóc, đóng gói lại, sơ, chế biến; sừng mỹ nghệ; kiểm tra chất thải động vật đã qua xử lý,…