Theo đó các hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực giao thông hàng hải gồm: vi phạm quy định về xây dựng và khai thác cảng biển; vi phạm quy định về hoạt động hàng hải của tàu thuyền tại cảng biển; vi phạm quy định về đăng ký, đăng kiểm tàu thuyền và bố trí thuyền viên, sử dụng chứng chỉ chuyên môn, sổ thuyền viên, hộ chiếu thuyền viên; vi phạm quy định về hoa tiêu hàng hải; vi phạm quy định về hoạt động kinh doanh vận tải biển và dịch vụ hàng hải; vi phạm quy định về hoạt động tìm kiếm, cứu nạn hàng hải, trục vớt tài sản chìm đắm và báo hiệu hàng hải; vi phạm quy định về hoạt động đào tạo, huấn luyện thuyền viên và hành vi vi phạm quy định về hoạt động ứng phó sự cố tràn dầu, quản lý tiếp nhận và xử lý chất thải lỏng có dầu từ tàu biển tại cảng biển.
Cũng theo Nghị định này, các hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực giao thông đường thủy nội địa gồm: vi phạm quy định về xây dựng, bảo vệ và khai thác kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa; hành vi vi phạm quy định về đăng ký, đăng kiểm phương tiện; vi phạm quy định về điều kiện thuyền viên, người lái phương tiện; hành vi vi phạm quy tắc giao thông và tín hiệu của phương tiện và hành vi vi phạm quy định về khai thác cảng, bến thủy nội địa và vận tải đường thủy nội địa.
Đối tượng áp dụng là các cá nhân, tổ chức Việt Nam có hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực giao thông hàng hải, đường thủy nội địa; người có thẩm quyền lập biên bản, thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giao thông hàng hải, đường thủy nội địa; Cá nhân, tổ chức nước ngoài vi phạm hành chính trong phạm vi lãnh thổ, vùng tiếp giáp lãnh hải, vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa của nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam hoặc trên tàu biển mang cờ quốc tịch Việt Nam bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật Việt Nam, trừ trường hợp điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên có quy định khác.
Thời hiệu và hình thức xử phạt các vi phạm hành chính: Thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính là 01 năm. Đối với các 1hành vi vi phạm hành chính về xây dựng cảng biển, công trình hàng hải và công trình thuộc kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa, môi trường, xuất cảnh, nhập cảnh của tàu thuyền, thuyền viên và hành khách, thời hiệu xử phạt là 02 năm.
Hình thức xử phạt vi phạm hành chính đối với cá nhân, tổ chức có hành vi vi phạm trong lĩnh vực giao thông hàng hải, đường thủy nội địa: gồm hai hình thức xử phạt chính cho mỗi hành vi: cảnh cáo và phạt tiền. Ngoài hình thức phạt chính ghi trên, tùy theo tính chất, mức độ vi phạm còn bị áp dụng hình thức xử phạt bổ sung như: Tước quyền sử dụng giấy phép, chứng chỉ hành nghề có thời hạn từ 01 tháng đến 24 tháng. Không áp dụng quy định tại thời điểm này đối với hộ chiếu thuyền viên của người nước ngoài; đình chỉ hoạt động có thời hạn từ 01 tháng đến 24 tháng và tịch thu tang vật, phương tiện vi phạm hành chính. Ngoài hình thức xử phạt chính và xử phạt bổ sung, cá nhân, tổ chức có hành vi vi phạm còn phải thực hiện các biện pháp khắc phục hậu quả quy định tại Nghị định này. Có thể nêu một vài hành vi vi phạm tại Nghị định về bảo đảm an toàn, an ninh, trật tự trong hoạt động khai thác cảng biển như sau: xử phạt đối với các hành vi như vào, rời vùng đất cảng hoặc lên tàu thuyền không tuân theo chỉ dẫn của cơ quan hoặc người có thẩm quyền sẽ bị phạt cảnh cáo. Phạt tiền từ 200.000 đồng đến 500.000 đồng đối với hành vi vào, rời vùng đất cảng hoặc lên tàu thuyền không được phép của cơ quan hoặc người có thẩm quyền… Hành vi cho tàu thuyền vào cảng hoặc neo đậu tại vùng nước cảng biển khi chưa được phép của Cảng vụ hàng hải; Tự ý bốc, dỡ hàng hóa khi tàu thuyền chưa hoàn thành thủ tục vào cảng theo quy định; Hệ thống đệm chống va, bích buộc tàu của cầu cảng không đủ hoặc không bảo đảm an toàn cho tàu thuyền neo đậu; Không có hoặc không làm thủ tục xác nhận hàng năm giấy chứng nhận an ninh cho cảng biển, bến cảng, cầu cảng theo quy định hoặc không thực hiện Kế hoạch an ninh cảng biển, bến cảng, cầu cảng đã được phê duyệt theo quy định sẽ bị phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng…
Trong lĩnh vực giao thông đường thủy nội địa, Nghị định quy định phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 50.000 đồng đến 100.000 đồng đối với một trong các hành vi vi phạm sau đây: Đổ rác hoặc rơm, rạ xuống đường thủy nội địa, vùng nước cảng, bến thủy nội địa; Buộc động vật vào báo hiệu đường thủy nội địa, mốc thủy chí, mốc đo đạc hoặc mốc giới hạn phạm vi hành lang bảo vệ luồng. Phạt tiền từ 100.000 đồng đến 200.000 đồng đối với một trong các hành vi vi phạm sau đây: Trồng cây, để đồ vật, dựng lều quán hoặc có hành vi khác làm hạn chế tác dụng của báo hiệu đường thủy nội địa hoặc làm hạn chế tầm nhìn của người điều khiển phương tiện; Buộc phương tiện vào báo hiệu đường thủy nội địa, mốc thủy chí, mốc đo đạc hoặc mốc giới hạn phạm vi hành lang bảo vệ luồng; phạt tiền từ 200.000 đồng đến 500.000 đồng đối với hành vi để đồ vật, tre, gỗ trôi tự do trong phạm vi luồng; phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.000.000 đồng đối với hành vi để bùn, đất, cát, sỏi hoặc các chất phế thải khác rơi hoặc trôi xuống đường thủy nội,…