Theo đó, Hội đồng thẩm định nhà nước do Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập theo từng dự án có nhiệm vụ tổ chức thẩm định các dự án quan trọng quốc gia (Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi hoặc Báo cáo nghiên cứu khả thi) để trình Quốc hội quyết định chủ trương đầu tư hoặc báo cáo Thủ tướng Chính phủ quyết định đầu tư; Hội đồng thẩm định nhà nước gồm Chủ tịch Hội đồng, Phó Chủ tịch Hội đồng và các thành viên khác của Hội đồng. Chủ tịch Hội đồng thẩm định nhà nước là Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư; Phó Chủ tịch và các thành viên khác của Hội đồng là đại diện lãnh đạo các Bộ, ngành, các cơ quan liên quan do Thủ tướng Chính phủ quyết định theo đề nghị của Bộ Kế hoạch và Đầu tư; Chủ tịch Hội đồng, Phó Chủ tịch Hội đồng và các thành viên Hội đồng thẩm định nhà nước chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ về tổ chức thẩm định và các hoạt động thẩm định theo nhiệm vụ được giao; ý kiến đánh giá kết quả thẩm định, kết luận và kiến nghị của Hội đồng thẩm định nhà nước về các nội dung của dự án quan trọng quốc gia;

Hội đồng thẩm định nhà nước có các quyền hạn sau: Xem xét, quyết định các vấn đề về nội dung, chương trình và kế hoạch công tác của Hội đồng và các vấn đề khác có liên quan trong quá trình thẩm định dự án quan trọng quốc gia; yêu cầu chủ đầu tư cung cấp các tài liệu liên quan trong quá trình thẩm định dự án quan trọng quốc gia, thanh toán các chi phí thẩm tra, thẩm định theo dự toán và tiến độ thực hiện công việc thẩm định đã được phê duyệt;  yêu cầu nhà thầu tư vấn cung cấp các tài liệu liên quan trong quá trình thẩm tra dự án quan trọng quốc gia.

Hội đồng thẩm định nhà nước làm việc theo chế độ tập thể dưới sự chỉ đạo của Chủ tịch Hội đồng. Phiên họp Hội đồng thẩm định nhà nước được coi là hợp lệ khi có ít nhất 50% số thành viên tham dự (kể cả người được ủy quyền). Các ý kiến kết luận được thống nhất theo nguyên tắc đa số. Trường hợp tỷ lệ biểu quyết là 50/50 trên số thành viên Hội đồng (bao gồm cả số có mặt tại phiên họp và số biểu quyết bằng văn bản gửi đến Hội đồng), vấn đề được thông qua theo ý kiến đã biểu quyết của Chủ tịch Hội đồng. Kết luận cuối cùng thông qua các nội dung thẩm định dự án quan trọng quốc gia trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ phải được ít nhất 2/3 số thành viên Hội đồng thẩm định nhà nước thông qua. Ý kiến các thành viên Hội đồng thẩm định nhà nước được thực hiện bằng cách biểu quyết tại cuộc họp hoặc bằng văn bản gửi đến Hội đồng thẩm định nhà nước.

Hội đồng thẩm định nhà nước tự giải thể sau khi hoàn thành công việc thẩm định theo quy định.