Đơn vị Dân quân tự vệ phối hợp hoạt động phải đặt dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo của cấp ủy Đảng, chính quyền, người đứng đầu cơ quan, tổ chức cùng cấp; phối hợp hoạt động đúng nhiệm vụ theo quy định; trong thời gian phối hợp hoạt động chịu sự điều hành, chỉ huy của người đứng đầu đơn vị chủ trì phối hợp; phối hợp hoạt động đoàn kết, thống nhất, chủ động hỗ trợ lẫn nhau, không làm ảnh hưởng đến nhiệm vụ riêng, công việc nội bộ, giữ bí mật về lực lượng, phương tiện và biện pháp nghiệp vụ của từng lực lượng.

Các cơ quan có thẩm quyền ban hành quy chế phối hợp hoạt động, gồm: Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công an cấp tỉnh, Vùng Hải quân, Vùng Cảnh sát biển, Chi cục Kiểm ngư Vùng, đơn vị Quân đội nhân dân cấp sư đoàn, lữ đoàn và tương đương, đơn vị Công an nhân dân trực thuộc Bộ Công an đứng chân trên địa bàn có hoạt động phối hợp với Dân quân tự vệ chủ trì, trao đổi, thống nhất với Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội, Bộ Tư lệnh Thành phố Hồ Chí Minh, Bộ Chỉ huy quân sự cấp tỉnh (gọi chung là cơ quan quân sự địa phương cấp tỉnh) xây dựng quy chế phối hợp hoạt động, cùng ký và tổ chức thực hiện;

Đồn Biên phòng, Hạt Kiểm lâm, Công an cấp huyện, đơn vị Quân đội nhân dân cấp trung đoàn, tiểu đoàn trực thuộc cấp sư đoàn và tương đương trở lên, đơn vị Công an nhân dân trực thuộc Công an cấp tỉnh đứng chân trên địa bàn có hoạt động phối hợp với Dân quân tự vệ chủ trì, trao đổi, thống nhất với Ban Chỉ huy quân sự cấp huyện, xây dựng quy chế phối hợp hoạt động, cùng ký và tổ chức thực hiện;

Công an cấp xã có hoạt động phối hợp với Dân quân tự vệ chủ trì, trao đổi, thống nhất với Ban Chỉ huy quân sự cùng cấp, xây dựng quy chế phối hợp hoạt động cùng ký và tổ chức thực hiện;

Các đơn vị Quân đội nhân dân cấp tiểu đoàn, đại đội trực thuộc cấp trung đoàn và tương đương trở lên, Kiểm lâm, đơn vị chủ rừng đứng chân trên địa bàn có hoạt động phối hợp với Dân quân tự vệ, chủ trì, trao đổi, thống nhất với Ban Chỉ huy quân sự cấp xã, Ban chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở, xây dựng quy chế phối hợp hoạt động, cùng ký và tổ chức thực hiện;

Một cơ quan, đơn vị có Dân quân tự vệ có thể phối hợp xây dựng quy chế với một hoặc nhiều cơ quan, đơn vị chủ trì; một cơ quan, đơn vị chủ trì có thể xây dựng quy chế phối hợp với một hoặc nhiều cơ quan, đơn vị có Dân quân tự vệ.

Quy chế phối hợp hoạt động gồm các nội dung cơ bản: Căn cứ pháp lý; quy định chung; nội dung phối hợp hoạt động; công tác bảo đảm; tổ chức thực hiện; điều khoản thi hành.

Hằng năm, cơ quan, đơn vị chủ trì, Công an cấp xã có trách nhiệm rà soát, thống nhất với cơ quan, đơn vị, Ban Chỉ huy quân sự cấp xã, Ban Chỉ huy quân sự cơ quan, tổ chức ở cơ sở, điều chỉnh, bổ sung quy chế phối hợp hoạt động cho phù hợp.