Theo đó, Thông tư quy định thủ tục đăng ký chuyển đổi cơ cấu cây trồng trên đất trồng lúa như sau:

- Tổ chức, hộ gia đình, cá nhân sử dụng đất trồng lúa hợp pháp (người sử dụng đất) có nhu cầu chuyển đổi cơ cấu cây trồng trên đất trồng lúa, gửi trực tiếp tới Ủy ban nhân dân cấp xã 01 Đơn đăng ký chuyển đổi cơ cấu cây trồng trên đất trồng lúa, theo mẫu tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư số 47/2013/TT-BNNPTNT .

- Trường hợp Đơn đăng ký chuyển đổi hợp lệ và phù hợp với kế hoạch chuyển đổi cơ cấu cây trồng trên đất trồng lúa của xã, trong thời gian năm (05) ngày làm việc, Ủy ban nhân dân cấp xã có ý kiến “Đồng ý cho chuyển đổi”, đóng dấu vào Đơn đăng ký, vào sổ theo dõi và gửi lại Đơn cho người sử dụng đất.

- Trường hợp Đơn đăng ký chuyển đổi không hợp lệ, Ủy ban nhân dân cấp xã phải hướng dẫn cho người sử dụng đất, chỉnh sửa, bổ sung đơn đăng ký.

- Trường hợp không đồng ý cho chuyển đổi, Ủy ban nhân dân cấp xã phải trả lời bằng văn bản cho người sử dụng đất, nêu rõ lý do, theo mẫu tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư số 47/2013/TT-BNNPTNT.

Thông tư quy định trách nhiệm của Cục Trồng trọt: Kiểm tra việc thực hiện chuyển đổi cơ cấu cây trồng trên đất trồng lúa ở các địa phương; hàng năm, tổng hợp báo cáo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn kết quả chuyển đổi cơ cấu cây trồng trên đất trồng lúa trong phạm vi cả nước.

Trách nhiệm của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn: Hàng năm, tổng hợp báo cáo UBND cấp tỉnh và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (qua Cục Trồng trọt) kết quả chuyển đổi cơ cấu cây trồng trên đất trồng lúa của địa phương.