Các hành vi vi phạm hành chính trong hoạt động thủy sản, gồm: Vi phạm về bảo vệ nguồn lợi thủy sản; khai thác thủy sản; quản lý tàu cá và thuyền viên tàu cá; nuôi trồng thủy sản, sử dụng mặt nước biển để nuôi trồng thủy sản; thu gom, sơ chế, bảo quản, vận chuyển, chế biến, mua bán, xuất khẩu, nhập khẩu thủy sản; ngành nghề dịch vụ thủy sản; cản trở hoạt động quản lý nhà nước về thủy sản. 
Mức phạt tiền đối với mỗi hành vi vi phạm hành chính đối với tổ chức vi phạm gấp hai lần mức phạt tiền đối với cá nhân. Mức phạt tiền tối đa trong hoạt động thủy sản áp dụng đối với cá nhân là 100.000.000 đồng, đối với tổ chức là 200.000.000 đồng.
Một số hành vi vi phạm quy định về khai thác thủy sản bị xử phạt như sau:
Vi phạm về sử dụng điện để khai thác thủy sản: Phạt tiền từ 3.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với hành vi tàng trữ, vận chuyển công cụ kích điện trên tàu cá hoặc phương tiện nổi khác; phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 2.000.000 đồng đối với hành vi sử dụng công cụ kích điện để khai thác thủy sản (trừ việc sử dụng kích điện tại ao nuôi để thu hoạch thủy sản); phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng đối với hành vi sử dụng điện lưới để khai thác thủy sản,…
Vi phạm các quy định về sử dụng vật liệu nổ để khai thác thủy sản: Phạt tiền từ 3.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng (nếu xảy ra tại vùng nước nội đồng) và từ 10.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng (nếu xảy ra trên biển) đối với hành vi tàng trữ trái phép vật liệu nổ trên tàu cá hoặc phương tiện nổi khác; phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 7.000.000 đồng (tại xảy ra tại vùng nước nội đồng) và từ 20.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng (nếu xảy ra trên biển) đối với hành vi sử dụng vật liệu nổ để khai thác thủy sản.
Vi phạm các quy định về sử dụng chất độc, thực vật có độc tố để khai thác thủy sản: Phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 2.000.000 đồng (nếu xảy ra tại vùng nước nội đồng) và từ 4.000.000 đồng đến 6.000.000 đồng (nếu xảy ra trên biển) đối với hành vi tàng trữ trái phép trên tàu cá hoặc phương tiện nổi khác chất độc, thực vật có độc tố để khai thác thủy sản; phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 4.000.000 đồng (nếu xảy ra tại vùng nước nội đồng) và từ 8.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng (nếu xảy ra trên biển) đối với hành vi sử dụng chất độc, thực vật có độc tố để khai thác thủy sản.
Vi phạm quy định về sử dụng ngư cụ, thiết bị, phương pháp khai thác thủy sản: Phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 300.000 đồng đến 500.000 đồng đối với hành vi không đánh dấu ngư cụ đang được sử dụng tại ngư trường theo quy định của pháp luật hoặc vứt bỏ ngư cụ xuống vùng nước tự nhiên (trừ trường hợp bất khả kháng). Phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 2.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sử dụng đèn chiếu sáng để khai thác thủy sản mà tổng công suất đèn vượt quá quy định của pháp luật, sử dụng lưới có kích thước mắt lưới nhỏ hơn quy định của pháp luật để khai thác thủy sản. Phạt tiền từ 3.000.000 đồng đến 6.000.000 đồng đối với hành vi sử dụng các loại ngư cụ hoặc thiết bị khai thác thủy sản du nhập từ nước ngoài vào Việt Nam để khai thác thủy sản (có tính chất hủy diệt nguồn lợi thủy sản) mà chưa được cơ quan có thẩm quyền cho phép. Phạt tiền đối với hành vi sử dụng ngư cụ hoặc thiết bị khai thác thủy sản khác bị cấm sử dụng theo quy định của pháp luật với mức từ 2.000.000 đồng đến 4.000.000 đồng nếu hành vi xảy ra tại các vùng nước nội đồng và từ 6.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng nếu hành vi xảy ra trên biển,…
Ngoài hình phạt tiền, một số hành vi còn bị áp dụng hình thức xử phạt bổ sung và biện pháp khắc phục hậu quả.