Theo đó, Thông tư quy định tổ chức, hộ gia đình, cá nhân sản xuất hoặc nhập khẩu được hoàn lại tiền thuế bảo vệ môi trường đã nộp và tiền phạt chậm nộp nếu có, không truy nộp thuế nếu đã kê khai nhưng chưa nộp và tiền phạt chậm nộp nếu có từ ngày 01 tháng 01 năm 2012 đến hết ngày 14 tháng 11 năm 2012 đối với túi ni lông làm bao bì đóng gói sẵn hàng hóa.
Hồ sơ hoàn lại tiền thuế bảo vệ môi trường, gồm: Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước; tờ khai bổ sung hồ sơ khai thuế, tiền phạt chậm nộp; chứng từ nộp thuế bảo vệ môi trường, tiền phạt chậm nộp. Ngoài ra, đối với một số trường hợp, ngoài các giấy tờ vừa nêu, Thông tư còn quy định thêm một số giấy tờ như: Hồ sơ hải quan theo quy định; Bản chính văn bản cam kết; Bản chụp Hợp đồng mua bán sản phẩm...
Trình tự, thủ tục hoàn lại tiền thuế và không truy nộp thuế được thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
 Người sản xuất hoặc người nhập khẩu bao bì để đóng gói sản phẩm thuộc đối tượng được hoàn lại tiền thuế và không truy nộp thuế theo quy định: Chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính trung thực, chính xác, đầy đủ của các nội dung kê khai, cam kết. Hoàn tất hồ sơ và nộp trước ngày 30/6/2013 cho cơ quan thuế hoặc cơ quan hải quan nơi đã khai, nộp thuế. Điều chỉnh số liệu trên sổ sách kế toán.