Thông tư quy định hồ sơ xin cấp Giấy chứng nhận phải có Giấy xác nhận đủ sức khỏe của chủ cơ sở và người trực tiếp sản xuất, kinh doanh thực phẩm; phiếu báo kết quả cấy phân âm tính mầm bệnh gây bệnh đường ruột (tả, lỵ trực khuẩn và thương hàn) của người trực tiếp sản xuất thực phẩm đối với những vùng có dịch bệnh tiêu chảy đang lưu hành theo công bố của Bộ Y tế, cụ thể: Đối với cơ sở dưới 30 người: Nộp bản sao giấy xác nhận (Có xác nhận của cơ sở); đối với cơ sở từ 30 người trở lên: Nộp danh sách kết quả khám sức khoẻ, xét nghiệm phân của chủ cơ sở và của người tham gia trực tiếp sản xuất, kinh doanh thực phẩm (Có xác nhận của cơ sở).
Ngoài ra, hồ sơ có các giấy tờ sau đây:
- Đơn đề nghị cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm (theo Mẫu).
- Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh có đăng ký ngành nghề kinh doanh thực phẩm (bản sao có xác nhận của cơ sở).
- Bản thuyết minh về cơ sở vật chất, trang thiết bị, dụng cụ bảo đảm điều kiện an toàn thực phẩm (có xác nhận của cơ sở), bao gồm: Bản vẽ sơ đồ thiết kế mặt bằng của cơ sở và khu vực xung quanh; sơ đồ quy trình sản xuất thực phẩm hoặc quy trình bảo quản, phân phối sản phẩm và bản thuyết minh về cơ sở vật chất, trang thiết bị, dụng cụ của cơ sở.
- Giấy xác nhận tập huấn kiến thức về an toàn thực phẩm của chủ cơ sở và người trực tiếp sản xuất, kinh doanh thực phẩm: Đối với cơ sở dưới 30 người: Nộp bản sao giấy xác nhận (có xác nhận của cơ sở); đối với cơ sở từ 30 người trở lên: Nộp danh sách đã được tập huấn (có xác nhận của cơ sở).
Thông tư quy định các cơ sở sau đây không phải cấp Giấy chứng nhận, gồm: Cơ sở sản xuất thực phẩm chức năng ban đầu nhỏ lẻ; cơ sở kinh doanh nhỏ lẻ không có yêu cầu bảo quản sản phẩm đặc biệt; Cơ sở bán hàng rong; cơ sở kinh doanh bao gói sẵn không yêu cầu điều kiện bảo quản đặc biệt; cơ sở kinh doanh bao bì, dụng cụ tiếp xúc trực tiếp với thực phẩm; nhà thuốc đã được cấp Giấy chứng nhận đạt tiêu chuẩn “Thực hành tốt nhà thuốc”(GPP) có kinh doanh thực phẩm chức năng, thực phẩm tăng cường vi chất dinh dưỡng.