Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20 tháng 10 năm 2012 và thay thế cho các quy định về giấy phép xây dựng tại Nghị định số 12/2009/NĐ-CP ngày 12 tháng 02 năm 2009 và Nghị định số 83/2009/NĐ-CP ngày 15 tháng 10 năm 2009 của Chính phủ về Quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình; các quy định về giấy phép xây dựng công trình ngầm quy định tại Nghị định số 39/2010/NĐ-CP ngày 07 tháng 4 năm 2010 của Chính phủ về Quản lý không gian xây dựng công trình ngầm. Các quy định trước đây của Chính phủ, các Bộ, cơ quan ngang Bộ và địa phương về giấy phép xây dựng trái với Nghị định này đều bãi bỏ.
Theo đó, giấy phép xây dựng bao gồm các loại: xây dựng mới, sửa chữa, cải tạo; di dời công trình. Trước khi khởi công xây dựng công trình, chủ đầu tư phải có giấy phép xây dựng, trừ trường hợp xây dựng các công trình sau: Công trình bí mật nhà nước, công trình theo lệnh khẩn cấp, công trình tạm phục vụ thi công xây dựng công trình chính; công trình xây dựng theo tuyến không đi qua đô thị nhưng phù hợp với quy hoạch xây dựng đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt; công trình sửa chữa, cải tạo, lắp đặt thiết bị bên trong công trình không làm thay đổi kiến trúc các mặt ngoài, kết cấu chịu lực, công năng sử dụng và an toàn công trình; công trình hạ tầng kỹ thuật chỉ yêu cầu phải lập báo cáo kinh tế - kỹ thuật và nhà ở riêng lẻ tại vùng sâu, vùng xa thuộc khu vực chưa có quy hoạch điểm dân cư nông thôn…
Đối với dự án gồm nhiều công trình, chủ đầu tư có thể đề nghị để được xem xét cấp giấy phép xây dựng cho một, nhiều hoặc tất cả các công trình thuộc dự án.
Nghị định cũng quy định, các loại công trình và nhà ở riêng lẻ được cấp giấy phép xây dựng khi đáp ứng các điều kiện: Phù hợp với quy hoạch xây dựng, mục đích sử dụng đất, mục tiêu đầu tư; tuân thủ quy định về chỉ giới đường đỏ, chỉ giới xây dựng; đảm bảo an toàn công trình và công trình lân cận và các yêu cầu về: Giới hạn tĩnh không, độ không thủy, bảo đảm các yêu cầu về bảo vệ môi trường theo quy định của pháp luật, phòng cháy chữa cháy, hạ tầng kỹ thuật…
Ngoài ra, hồ sơ thiết kế xây dựng phải được tổ chức, cá nhân có đủ điều kiện năng lực theo quy định thực hiện; thiết kế phải được thẩm định, phê duyệt theo quy định. Đối với nhà ở riêng lẻ có tổng diện tích sàn nhỏ hơn 250 m2, dưới 3 tầng và không nằm trong khu vực bảo vệ di tích lịch sử, văn hóa thì chủ đầu tư được tự tổ chức thiết kế xây dựng và tự chịu trách nhiệm về an toàn của công trình và các công trình lân cận.

Việc xử lý vi phạm đối với công trình xây dựng không có giấp phép xây dựng, xây dựng sai với giấy phép được cấp, xây dựng không đúng với quy hoạch xây dựng và không đúng với các quy định khác của pháp luật được thực hiện theo quy định của Chính phủ về xử lý vi phạm trật tự xây dựng đô thị và về xử phạt vi phạm hành chính trong hoạt động xây dựng.
Xử lý chuyển tiếp: Những công trình, theo quy định trước khi Nghị định 64/2012/NĐ-CP có hiệu lực thuộc đối tượng không phải có giấy phép xây dựng, nhưng theo quy định của Nghị định 64/2012/NĐ-CP thuộc đối tượng phải có giấy phép, nếu đã khởi công xây dựng thì không phải đề nghị cấp giấy phép; nhưng nếu chưa khởi công xây dựng thì phải nộp hồ sơ đề nghị để được xem xét cấp giấy phép xây dựng trước khi khởi công xây dựng.
Những công trình thuộc đối tượng theo quy định của Điều 121 Luật xây dựng được tiếp tục thực hiện theo Quyết định số 39/2005/QĐ-TTg ngày 28 tháng 02 năm 2005 của Thủ tướng Chính phủ về việc hướng dẫn thực hiện Điều 121 Luật xây dựng.