Theo đó, Thông tư quy định về sản xuất, kinh doanh giống cây công nghiệp và cây ăn quả lâu năm gồm các nội dung sau: Điều kiện bảo đảm chất lượng giống cây công nghiệp, cây ăn quả lâu năm trong quá trình sản xuất, kinh doanh; ghi nhãn; công bố tiêu chuẩn áp dụng; công bố hợp chuẩn.
Thứ nhất, về điều kiện bảo đảm chất lượng giống cây công nghiệp, cây ăn quả lâu năm trong quá trình sản xuất, kinh doanh:
Tổ chức, cá nhân sản xuất giống cây công nghiệp, cây ăn quả lâu năm với mục đích thương mại phải đảm bảo điều kiện sản xuất, kinh doanh theo quy định của pháp luật và các yêu cầu quản lý chất lượng cây giống như có vườn ươm tối thiểu đạt các yêu cầu: Diện tích các khu gieo ươm hạt gốc ghép, đóng bầu, nhân giống và huấn luyện cây giống phù hợp quy mô số lượng cây giống sản xuất; chủ động về tưới tiêu nước; cách ly nguồn lây nhiễm bệnh. Nhân giống từ nguồn giống được công nhận; có quy trình kỹ thuật nhân giống; có hoặc thuê người kiểm định giống cây công nghiệp, cây ăn quả lâu năm; thực hiện ghi nhãn, công bố tiêu chuẩn áp dụng đối với cây giống xuất vườn theo quy định.
Tổ chức, cá nhân kinh doanh giống cây công nghiệp, cây ăn quả lâu năm phải đảm bảo điều kiện sản xuất, kinh doanh theo quy định của pháp luật và các yêu cầu quản lý chất lượng cây giống như đảm bảo ghi nhãn, công bố tiêu chuẩn áp dụng theo quy định; đảm bảo nguồn gốc cây giống: Có hợp đồng hoặc giấy tờ mua bán cây giống với tổ chức, cá nhân sản xuất giống, trong đó ghi rõ các thông tin về tên giống, nguồn giống đã sử dụng nhân giống, tiêu chuẩn công bố áp dụng, số lượng cây, thời gian giao nhận cây; có biện pháp đảm bảo chất lượng cây giống trong quá trình lưu giữ, vận chuyển.                            
Thứ hai, về ghi nhãn:
Giống cây công nghiệp, cây ăn quả lâu năm lưu thông trên thị trường thực hiện ghi nhãn hàng hóa theo các quy định tại Điều 39 Pháp lệnh giống cây trồng, Nghị định 89/2006/NĐ-CP ngày 30/8/2006 của Chính phủ về nhãn hàng hóa, bao gồm các thông tin sau: Tên giống cây trồng; tên và địa chỉ của cơ sở sản xuất, kinh doanh; chỉ tiêu chất lượng chủ yếu; ngày xuất vườn và thời hạn sử dụng; tên nước sản xuất đối với giống cây trồng nhập khẩu; mã hiệu nguồn giống.
Đối với cây giống gieo ươm trong bầu kích thước lớn, nhãn được in, gắn trên từng cây giống, hoặc được in trên túi bầu. Đối với cây giống rễ trần, cây trong túi bầu có kích thước nhỏ, nhãn được in trên đai buộc, hoặc in trên hộp, túi đựng, hoặc tài liệu kèm theo giống cây trồng.
Thứ ba, về công bố tiêu chuẩn áp dụng:
 Nội dung công bố: Số hiệu tiêu chuẩn hoặc các chỉ tiêu chất lượng chủ yếu của cây giống.
Hình thức công bố: Thực hiện theo quy định tại Điều 23 của Luật chất lượng sản phẩm, hàng hóa.
Thứ tư, về công bố hợp chuẩn:
Căn cứ công bố hợp chuẩn: Trường hợp công bố dựa trên kết quả tự đánh giá của tổ chức, cá nhân sản xuất cây giống thì căn cứ Biên bản kiểm định chất lượng lô giống theo mẫu tại Phụ lục 05 ban hành kèm theo Thông tư này và phiếu kiểm nghiệm sạch bệnh (đối với cây có múi và cây lâu năm khác có quy định chỉ tiêu này trong tiêu chuẩn công bố áp dụng). Trường hợp công bố dựa trên kết quả đánh giá của Tổ chức chứng nhận thì căn cứ Giấy chứng nhận hợp chuẩn của Tổ chức chứng nhận đăng ký hoạt động theo quy định tại Thông tư số 08/2009/TT-BKHCN ngày 08/4/2009 của Bộ Khoa học và Công nghệ cấp cho tổ chức, cá nhân sản xuất giống.
Trình tự, thủ tục công bố hợp chuẩn thực hiện theo quy định tại Điều 15 Quyết định số 24/2007/QĐ-BKHCN ngày 28/9/2007 của Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ.
Thông tư này thay thế: Quyết định số 64/2008/QĐ-BNN ngày 23/5/2008 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định quản lý về sản xuất, kinh doanh giống cây công nghiệp, cây ăn quả lâu năm; Điều 3 Thông tư số 17/2011/TT- BNNPTNT ngày 06/4/2011 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ một số quy định về thủ tục hành chính trong lĩnh vực trồng trọt theo Nghị quyết số 57/NQ-CP ngày 15/12/2010; Quyết định số 69/2008/QĐ-BNN ngày 03/6/2008 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành Danh mục giống cây công nghiệp, cây ăn quả lâu năm phải chứng nhận chất lượng phù hợp tiêu chuẩn.