Theo đó, Thông tư quy định việc thực hiện chi trả tiền bồi thường như sau:
Sau khi rút dự toán chi quản lý hành chính hoặc sau khi nhận được kinh phí do cơ quan tài chính cấp theo quy định, chậm nhất trong thời hạn 05 ngày làm việc, cơ quan có trách nhiệm bồi thường phải tổ chức thực hiện việc chi trả bồi thường cho người bị thiệt hại hoặc thân nhân người bị thiệt hại (sau đây gọi chung là người được nhận tiền bồi thường).
Việc chi trả phải thực hiện một lần bằng tiền mặt cho người được nhận tiền bồi thường hoặc chuyển khoản theo yêu cầu của người nhận tiền bồi thường và phải được thông báo trước ít nhất là 02 ngày cho người nhận tiền bồi thường để bố trí việc nhận tiền bồi thường. Trường hợp người được nhận tiền bồi thường có yêu cầu trả bằng chuyển khoản thì thực hiện theo yêu cầu của người chuyển khoản và thông báo cho người nhận tiền biết.
Việc chi trả tiền bồi thường phải được lập thành biên bản phù hợp với hình thức chi trả bằng tiền mặt hoặc chuyển khoản, mỗi bên tham gia giao nhận tiền bồi thường giữ 01 bản.
Về thu, nộp tiền hoàn trả được tiến hành khi người thi hành công vụ có lỗi gây ra thiệt hại có nghĩa vụ hoàn trả cho ngân sách nhà nước khoản tiền mà nhà nước đã bồi thường cho người bị thiệt hại theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền.
Việc thu nộp, quản lý, sử dụng tiền hoàn trả thực hiện theo quy định tại Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước và Nghị định số 16/2010/NĐ-CP ngày 03/3/2010 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước. Một số nội dung hướng dẫn cụ thể như sau:
Căn cứ quyết định hoàn trả ngân sách nhà nước, thủ trưởng cơ quan được ngân sách nhà nước cấp kinh phí để thực hiện việc bồi thường có trách nhiệm đôn đốc người có trách nhiệm hoàn trả, phối hợp với thủ trưởng cơ quan có người thi hành công vụ liên quan đến việc hoàn trả để kịp thời thu hồi tiền hoàn trả và nộp vào ngân sách nhà nước tại Kho bạc nhà nước trên địa bàn theo quy định tại Điều 62 và Điều 63 Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước.
Đối với trường hợp việc hoàn trả được thực hiện bằng cách trừ dần vào lương hàng tháng của người thi hành công vụ thì mức tối thiểu không dưới 10% và mức tối đa không quá 30% thu nhập từ tiền lương hàng tháng. Thủ trưởng cơ quan quản lý cán bộ, công chức phải thực hiện việc hoàn trả có trách nhiệm trích tiền lương hàng tháng của cán bộ, công chức phải hoàn trả theo tỷ lệ đã được Hội đồng xem xét trách nhiệm hoàn trả quyết định để nộp vào ngân sách nhà nước cấp đã chi để thực hiện việc bồi thường thiệt hại.