1. Về cách lập mã số lý lịch tư pháp
Lý lịch tư pháp được lập trên cơ sở bản án hình sự phúc thẩm và bản án hình sự sơ thẩm theo quy định tại khoản 3 Điều 11 Thông tư số 06/2013/TT-BTP ngày 06/02/2013 của Bộ trưởng Bộ Tư pháp hướng dẫn việc quản lý, sử dụng và khai thác cơ sở dữ liệu lý lịch tư pháp (sau đây gọi là Thông tư số 06/2013/TT-BTP) thì mã số bản án được lập như sau:
Trường hợp Lý lịch tư pháp được lập trên cơ sở bản án sơ thẩm theo quy định tại điểm a, khoản 3 Điều 11 Thông tư số 06/2013/TT-BTP thì mã số bản án xét xử phúc thẩm cập nhật trong Lý lịch tư pháp sử dụng theo mã số của bản án xét xử sơ thẩm, thêm ký hiệu “PT”.
Trường hợp Lý lịch tư pháp được lập trên cơ sở bản án phúc thẩm theo quy định tại điểm b, khoản 3 Điều 11 Thông tư số 06/2013/TT-BTP thì mã số của bản án xét xử sơ thẩm cập nhật trong Lý lịch tư pháp được sử dụng theo mã số của bản án xét xử phúc thẩm, thêm ký hiệu “ST”.
Như vậy, Thông tư số 16/2013/TT-BTP, đã bổ sung thêm kí hiệu “ST, PT”  khi lập án tích và cập nhật thông tin án tích. Điều này giúp dễ dàng biết lý lịch tư pháp này được lập trên cơ sở bản án sơ thẩm hay phúc thẩm để có thể yêu cầu bổ sung thông tin khi cần thiết.
2. Phiếu cung cấp thông tin lý lịch tư pháp bổ sung
Trường hợp cập nhật quyết định thi hành án phạt tù có thời hạn, án phạt tù cho hưởng án treo, án phạt tù chung thân, án phạt cải tạo không giam giữ, án phạt tử hình, án phạt trục xuất thì ghi rõ: hình phạt chính phải thi hành, hình phạt bổ sung (nếu có), thời điểm chấp hành án phạt chính.
Trường hợp cập nhật quyết định đình chỉ xét xử phúc thẩm thì ghi rõ: ngày tháng năm đình chỉ xét xử phúc thẩm và bản án hình sự sơ thẩm có hiệu lực pháp luật.
Trường hợp cập nhật quyết định ủy thác thi hành án hình sự thì ghi rõ: cơ quan được ủy thác thi hành án, án phạt được ủy thác thi hành án, ngày tháng năm ủy thác thi hành án.
Trường hợp cập nhật quyết định đình chỉ việc thi hành án phạt tù thì ghi rõ: án phạt được đình chỉ, ngày tháng năm đình chỉ thi hành án phạt tù;
Một quy định quan trọng của Thông tư số 16/2013/TT-BTP sửa đổi quy định của Thông tư số 13/2011/TT-BTP là hướng dẫn việc cung cấp thông tin lý lịch tư pháp bổ sung, theo đó Sở Tư pháp không phải gửi kèm theo bản sao các quyết định, giấy chứng nhận khi cung cấp thông tin lý lịch tư pháp bổ sung cho Trung tâm Lý lịch tư pháp quốc gia, thay vào đó là sử dụng mẫu Phiếu cung cấp thông tin lý lịch tư pháp bổ sung mới được sửa đổi. Quy định này tạo điều kiện thuận lợi cho các Sở Tư pháp trong cung cấp thông tin lý lịch tư pháp, bảo đảm kịp thời, nhanh chóng và tiết kiệm chi phí.
3. Về biểu mẫu, mẫu sổ lý lịch tư pháp
a) Mẫu số 01/2013/LLTP: Bổ sung thêm cột nội dung “Biện pháp tư pháp” vào mục Tình trạng thi hành án.
b) Tời khai yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp số 1, số 2: Bổ sung thêm mục “Mục đích yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp” vào phần nội dung của Tờ khai.
Việc bổ sung mục đích yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp vào tờ khai giúp các công tác quản lý nhà nước đạt hiệu quả cao hơn, đồng thời có thể hướng dẫn cho người dân khi họ đến yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp nhưng chưa nắm rõ các quy định của pháp luật và các quy định khác.
c) Tờ khai yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp trong trường hợp ủy quyền: Dùng cho cá nhân trong trường hợp ủy quyền yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp số 1 và cá nhân là cha, mẹ của người chưa thành niên yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp số 2.
Khoản 2 điều 46 Luật lý lịch tư pháp quy định: Thủ tục cấp Phiếu lý lịch tư pháp số 2 cho cá nhân được thực hiện theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 45 của Luật này; trường hợp cá nhân có yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp số 2 thì không được ủy quyền cho người khác làm thủ tục cấp Phiếu lý lịch tư pháp.
Tuy nhiên, điều 20 Bộ luật dân sự 2005 quy định “người từ đủ sáu tuổi đến chưa đủ mười tám tuổi khi xác lập, thực hiện giao dịch dân sự phải được người đại diện theo pháp luật đồng ý, trừ giao dịch nhằm phục vụ nhu cầu sinh hoạt hàng ngày phù hợp với lứa tuổi hoặc pháp luật có quy định khác”, và tại khoản 1 điều 141, 144 Bộ luật dân sự 2005 quy định về người đại diện theo pháp luật và phạm vi đại diện thì “cha, mẹ là người đại diện theo pháp luật đối với con chưa thành niên có quyền xác lập, thực hiện mọi giao dịch dân sự vì lợi ích của người được đại diện, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác”.
Như vậy, áp dụng quy định trên của Bộ luật dân sự, tại Thông tư số 16/2013/TT-BTP đã cho phép trường hợp yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp số 2 là người chưa thành niên thì cha, mẹ của người chưa thành niên được yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp số 2, còn ngoài ra tất cả các trường hợp khác thì không được ủy quyền hoặc bất kỳ hình thức đại diện nào khác (nghĩa là người thành niên phải trực tiếp lập thủ tục yêu cầu cấp Phiếu lý lịch tư pháp số 2).
d) Đối với Sổ cấp Phiếu lý lịch tư pháp:
Để phù hợp với thực tiễn công tác cấp Phiếu lý lịch tư pháp, mẫu Sổ cấp Phiếu lý lịch tư pháp đã được sửa đổi theo hướng gộp 02 Sổ cấp Phiếu lý lịch tư pháp số 1 và số 2 thành 01 Sổ cấp Phiếu. Mẫu Sổ cấp Phiếu lý lịch tư pháp chỉ thể hiện những thông tin cơ bản về người được cấp Phiếu lý lịch tư pháp. Những thông tin chi tiết phục vụ công tác thống kê được thực hiện theo Thông tư số 08/2011/TT-BTP ngày 05/4/2011 của Bộ trưởng Bộ Tư pháp hướng dẫn một số nội dung về công tác thống kê của Ngành Tư pháp. Đồng thời, với việc triển khai ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý lý lịch tư pháp hiện nay, việc thống kê, báo cáo theo các tiêu chí thống kê sẽ được hỗ trợ nhanh chóng, chính xác và thuận tiện.