Theo đó, thương nhân có trách nhiệm phối hợp với cơ quan kiểm tra nhà nước về chất lượng lấy mẫu xăng dầu nhập khẩu đối với loại xăng dầu thuộc Danh mục kiểm tra nhà nước về chất lượng có giám sát của cơ quan Hải quan trước khi bơm xăng dầu vào kho (bồn, bể) hoặc các phương tiện chuyển tải, sang mạn.
Đối với xăng dầu đã tạm nhập nhưng không tái xuất hoặc tái xuất không hết được chuyển tiêu thụ nội địa; thương nhân phải có văn bản đề nghị được chuyển tiêu thụ nội địa gửi Cục Hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập. Sau khi được Lãnh đạo Cục Hải quan xem xét, phê duyệt, thương nhân đăng ký tờ khai mới để làm thủ tục đối với lượng xăng dầu được chuyển tiêu thụ nội địa theo loại hình nhập kinh doanh; Trường hợp lô hàng đã kiểm tra chất lượng khi làm thủ tục tạm nhập thì không phải thực hiện kiểm tra chất lượng khi chuyển tiêu thụ nội địa.
Trường hợp khối lượng xăng dầu thực nhập, thực xuất có chênh lệch so với khối lượng xăng dầu ghi trên hóa đơn nhưng phù hợp với dung sai xăng dầu ghi trên hợp đồng do tính chất hàng hóa thì khối lượng xăng dầu để tính thuế được xác định trên cơ sở giá trị thực thanh toán cho lô xăng dầu xuất khẩu, nhập khẩu và thuế suất từng mặt hàng. Trường hợp đơn vị tính khối lượng của lô hàng là m3, thùng thì khi kê khai hải quan thương nhân có trách nhiệm quy đổi đơn vị tính là tấn theo quy định của pháp luật.
Thương nhân có Giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu được ủy thác cho thương nhân khác (có Giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu) nhập khẩu, xuất khẩu, tạm nhập, tái xuất xăng dầu theo quy định hiện hành của pháp luật.
Cũng theo Thông tư này, thời hạn nộp thuế đối với xăng dầu tạm nhập tái xuất để thực hiện thủ tục hải quan được quy định như sau: Xăng dầu kinh doanh tạm nhập, tái xuất phải nộp thuế trước khi hoàn thành thủ tục tạm nhập xăng dầu; Trường hợp chưa nộp thuế, nếu được tổ chức tín dụng nhận bảo lãnh số tiền thuế phải nộp và đáp ứng điều kiện quy định tại khoản 2, Điều 21 Thông tư số 128/2013/TT-BTC, thì được áp dụng thời hạn nộp thuế theo thời hạn bảo lãnh nhưng tối đa không quá 15 (mười lăm) ngày, kể từ ngày hết thời hạn tạm nhập tái xuất (không áp dụng cho thời gian gia hạn thời hạn tạm nhập tái xuất) và không phải nộp tiền chậm nộp trong thời hạn bảo lãnh; Trường hợp tái xuất ngoài thời hạn bảo lãnh thì phải nộp tiền chậm nộp kể từ ngày hết thời hạn bảo lãnh đến ngày tái xuất hoặc đến ngày thực nộp thuế (nếu ngày thực nộp thuế trước ngày thực tái xuất); Trường hợp đã được áp dụng thời hạn nộp thuế theo thời hạn bảo lãnh nhưng chuyển tiêu thụ nội địa thì phải nộp đủ các loại thuế, tính lại thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa chuyển tiêu thụ nội địa và phải tính tiền chậm nộp từ thời điểm hoàn thành thủ tục hải quan tạm nhập hàng hóa đến ngày thực nộp thuế.