Theo đó, thông tư quy định cụ thể cơ chế giao nhiệm vụ cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh và nuôi dưỡng người bệnh phong, tâm thần tại các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh chuyên khoa phong, tâm thần của Nhà nước như sau:

1. Nội dung, mức chi, thời gian thực hiện cơ chế giao nhiệm vụ

- Các khoản chi cho con người theo quy định đối với đơn vị sự nghiệp công lập; bao gồm:Tiền lương theo ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp do Nhà nước quy định đối với đơn vị sự nghiệp công; các khoản đóng góp theo chế độ như: bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, kinh phí công đoàn, bảo hiểm thất nghiệp. Các khoản chi này được điều chỉnh trong trường hợp Nhà nước điều chỉnh chính sách tiền lương, phụ cấp hoặc cấp có thẩm quyền điều chỉnh số lượng người làm việc của đơn vị.

- Chi thực hiện khám, chữa bệnh, chăm sóc và chi phí cần thiết khác thực hiện nhiệm vụ khám bệnh, chữa bệnh người bệnh phong, tâm thần: Mức chi theo Phụ lục I, Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này và được Bộ Y tế xem xét điều chỉnh trên cơ sở khả năng ngân sách hoặc khi các yếu tố hình thành chi phí thay đổi.

- Chi tiền ăn đối với người bệnh thuộc đối tượng nhà nước hỗ trợ tiền ăn theo chế độ quy định.

- Thời gian thực hiện: Từ ngày 01 tháng 01 đến hết ngày 31 tháng 12 hằng năm.

2. Quy trình lập dự toán, phân bổ, giao dự toán, sử dụng và quyết toán kinh phí thực hiện cơ chế giao nhiệm vụ

- Hằng năm, căn cứ quyết định của Bộ trưởng Bộ Y tế về việc giao nhiệm vụ, số lượng người làm việc; căn cứ số lượng người bệnh phong, tâm thần được khám bệnh, chữa bệnh, chăm sóc và nuôi dưỡng năm trước liền kề và dự báo mô hình bệnh tật năm kế hoạch; đơn vị lập dự toán kinh phí thực hiện cơ chế giao nhiệm vụ theo nội dung và mức chi theo quy định nêu trên và theo Biểu số 1 của Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này, tổng hợp cùng với dự toán chi ngân sách nhà nước của đơn vị, gửi Bộ Y tế để tổng hợp, gửi Bộ Tài chính theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và các văn bản hướng dẫn thi hành Luật.

- Căn cứ dự toán chi ngân sách nhà nước được cấp có thẩm quyền giao, Bộ trưởng Bộ Y tế quyết định giao nhiệm vụ và dự toán kinh phí thực hiện cơ chế giao nhiệm vụ cho các đơn vị theo quy định của Luật ngân sách nhà nước, chi tiết theo Biểu số 2 của Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này.

- Kinh phí thực hiện cơ chế giao nhiệm vụ theo quy định tại Thông tư này là kinh phí thường xuyên, được quản lý và sử dụng theo các quy định của pháp luật về chế độ tự chủ tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập. Việc hạch toán, quyết toán thực hiện theo các quy định của pháp luật.

- Hằng năm, cùng với thời điểm lập báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước, đơn vị đánh giá tình hình thực hiện nhiệm vụ và xác định tổng mức kinh phí thực tế được sử dụng theo cơ chế giao nhiệm vụ theo Biểu số 3 của Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này. Trường hợp số lượng người bệnh được khám bệnh, chữa bệnh và nuôi dưỡng thực tế thay đổi so với dự toán được giao đầu năm, được xử lý như sau: Trường hợp số lượng người bệnh khám bệnh, chữa bệnh và nuôi dưỡng thực tế cao hơn số lượng được giao đầu năm: được ngân sách nhà nước hoàn trả phần kinh phí còn thiếu vào năm sau. Bộ Y tế có trách nhiệm cân đối, bố trí kinh phí hoàn trả cho đơn vị trong phạm vi dự toán chi ngân sách nhà nước được giao; trường hợp số lượng người bệnh khám bệnh, chữa bệnh và nuôi dưỡng thực tế ít hơn số lượng được giao: dự toán kinh phí bố trí thực hiện theo cơ chế giao nhiệm vụ trong năm chưa sử dụng hết được chuyển sang năm sau, không sử dụng cho mục đích khác.