Theo đó, Thanh tra Chính phủ thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn về công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng cụ thể sau đây:

1.  Về thanh tra: Lập kế hoạch thanh tra của Thanh tra Chính phủ; hướng dẫn Thanh tra bộ, cơ quan ngang bộ (sau đây gọi tắt là Thanh tra bộ), Thanh tra tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi tắt là Thanh tra tỉnh) xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra; thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật và nhiệm vụ, quyền hạn của bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi tắt là Ủy ban nhân dân cấp tỉnh); thanh tra đối với doanh nghiệp nhà nước do Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập; thanh tra vụ việc phức tạp, liên quan đến trách nhiệm quản lý nhà nước của nhiều bộ, cơ quan ngang bộ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh; thanh tra vụ việc khác do Thủ tướng Chính phủ giao; kiểm tra tính chính xác, hợp pháp của các kết luận thanh tra và quyết định xử lý sau thanh tra của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh và của Chánh Thanh tra bộ, cơ quan ngang bộ, Chánh Thanh tra cấp tỉnh khi cần thiết; quyết định thanh tra lại vụ việc đã được Bộ trưởng kết luận nhưng phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật khi được Thủ tướng Chính phủ giao; quyết định thanh tra lại vụ việc đã được Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Chánh Thanh tra bộ, Chánh Thanh tra tỉnh kết luận nhưng phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật; đề nghị Bộ trưởng, yêu cầu Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh tiến hành thanh tra trong phạm vi quản lý của bộ, của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật; trường hợp Bộ trưởng, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh không đồng ý thì có quyền ra quyết định thanh tra, báo cáo và chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ về quyết định của mình; chủ trì xử lý việc chồng chéo về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra giữa cơ quan Thanh tra các bộ; giữa Thanh tra bộ với Thanh tra tỉnh; theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện các kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra của Thanh tra Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ; xem xét xử lý vấn đề mà Chánh Thanh tra bộ không nhất trí với Bộ trưởng, Chánh Thanh tra tỉnh không nhất trí với Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh về công tác thanh tra. Trường hợp Bộ trưởng không đồng ý với kết quả xử lý của Tổng Thanh tra Chính phủ thì Tổng Thanh tra Chính phủ báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định; kiến nghị Bộ trưởng đình chỉ việc thi hành hoặc bãi bỏ quy định do bộ đó ban hành trái với quy định của cơ quan nhà nước cấp trên, của Tổng Thanh tra Chính phủ về công tác thanh tra; trường hợp Bộ trưởng không đình chỉ hoặc không bãi bỏ văn bản đó thì trình Thủ tướng Chính phủ quyết định; dình chỉ việc thi hành và đề nghị Thủ tướng Chính phủ bãi bỏ quy định của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh trái với quy định của cơ quan nhà nước cấp trên, của Tổng Thanh tra Chính phủ về công tác thanh tra; kiến nghị với cơ quan nhà nước có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung, ban hành quy định cho phù hợp với yêu cầu quản lý; kiến nghị đình chỉ hoặc bãi bỏ quy định trái pháp luật phát hiện qua công tác thanh tra; kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét trách nhiệm, xử lý người thuộc quyền quản lý của Thủ tướng Chính phủ có hành vi vi phạm pháp luật phát hiện qua thanh tra hoặc không thực hiện kết luận, quyết định xử lý về thanh tra; yêu cầu người đứng đầu cơ quan, tổ chức xem xét trách nhiệm, xử lý người thuộc quyền quản lý của cơ quan, tổ chức có hành vi vi phạm pháp luật phát hiện qua thanh tra hoặc không thực hiện kết luận, quyết định xử lý về thanh tra.

2.Về tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo: Tổ chức việc tiếp công dân; tiếp nhận, xử lý đơn khiếu nại, tố cáo; giải quyết khiếu nại, tố cáo theo quy định của pháp luật; chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan thực hiện nhiệm vụ tiếp công dân tại trụ sở tiếp công dân của Trung ương Đảng và Nhà nước tại thành phố Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh; xác minh nội dung tố cáo, kết luận nội dung xác minh, kiến nghị biện pháp xử lý tố cáo thuộc thẩm quyền giải quyết của Thủ tướng Chính phủ khi được giao; xem xét, kết luận việc giải quyết tố cáo mà Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh đã giải quyết nhưng có dấu hiệu vi phạm pháp luật; trường hợp kết luận việc giải quyết tố cáo có vi phạm pháp luật thì kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét, giải quyết lại; giúp Thủ tướng Chính phủ theo dõi, kiểm tra, đôn đốc các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân các cấp trong việc tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, thi hành quyết định giải quyết khiếu nại có hiệu lực pháp luật; chủ trì, phối hợp với các cơ quan nhà nước có thẩm quyền xây dựng hệ thống dữ liệu Quốc gia về khiếu nại, tố cáo.

3. Về phòng, chống tham nhũng: Tổ chức, chỉ đạo, hướng dẫn công tác thanh tra việc thực hiện các quy định của pháp luật về phòng, chống tham nhũng và phòng, chống tham nhũng trong công tác thanh tra; thanh tra việc thực hiện pháp luật về phòng, chống tham nhũng tại các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh theo thẩm quyền hoặc chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ; chủ động phối hợp với các cơ quan, tổ chức trong việc phát hiện hành vi tham nhũng; thanh tra vụ việc có dấu hiệu tham nhũng; đôn đốc việc xử lý người có hành vi tham nhũng theo quy định của pháp luật và theo phân cấp quản lý cán bộ của Đảng và Chính phủ; chủ trì, phối hợp với các cơ quan nhà nước có thẩm quyền xây dựng hệ thống dữ liệu chung về phòng, chống tham nhũng; phối hợp với Kiểm toán Nhà nước, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Tòa án nhân dân tối cao và Ban Nội chính Trung ương trong việc cung cấp, trao đổi thông tin, tài liệu, kinh nghiệm về công tác phòng, chống tham nhũng; tổng hợp, đánh giá, dự báo tình hình tham nhũng và kiến nghị chính sách, giải pháp phòng, chống tham nhũng.

 Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng được áp dụng các quyền hạn của Thanh tra Chính phủ theo quy định của pháp luật; được yêu cầu các cơ quan, đơn vị có liên quan cử cán bộ, công chức, viên chức tham gia đoàn thanh tra.Yêu cầu bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh báo cáo tình hình, kết quả công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng.Tổng hợp, báo cáo kết quả về công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Chính phủ; tổng kết kinh nghiệm về công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng.Thực hiện chức năng cơ quan đầu mối quốc gia thực hiện Công ước Liên hợp quốc về chống tham nhũng; hợp tác quốc tế về công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng.Tổ chức, chỉ đạo thực hiện Chương trình, kế hoạch nghiên cứu khoa học, ứng dụng tiến bộ khoa học, công nghệ trong lĩnh vực thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng.