Theo Quyết định này, 03 đơn vị là Cục Bảo vệ thực vật, Cục Thú y và Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn sẽ được chủ động sử dụng nguồn tài chính của đơn vị để chi cho hoạt động thường xuyên; như: Chi tiền lương, tiền công, phụ cấp; Chi hoạt động chuyên môn, nghiệp vụ; Chi phục vụ cho việc thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí; Chi sửa chữa, máy móc, thiết bị trực tiếp phục vụ cho việc thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí;…

Đặc biệt, sau khi hạch toán đầy đủ các khoản chi phí, nộp thuế và các khoản nộp ngân sách Nhà nước khác theo quy định, phần chênh lệch thu lớn hơn chi được sử dụng để trích lập các Quỹ, trong đó: Trích tối thiểu 25 % để lập Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp; trích tối đa không quá 03 lần quỹ tiền lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp lương vào Quỹ bổ sung thu nhập; trích tối đa 03 tháng tiền lương, tiền công bình quân thực hiện trong năm vào Quỹ khen thưởng và Quỹ phúc lợi.