Theo đó, Lệ phí cấp Giấy phép sản xuất, kinh doanh sản phẩm mật mã dân sự, Giấy chứng nhận hợp chuẩn sản phẩm mật mã dân sự, Giấy chứng nhận hợp quy sản phẩm mật mã dân sự là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Cơ quan thu phí, lệ phí nộp 100% tổng số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.

 Phí thẩm định cấp Giấy phép sản xuất, kinh doanh sản phẩm mật mã dân sự, Giấy chứng nhận hợp chuẩn sản phẩm mật mã dân sự, Giấy chứng nhận hợp quy sản phẩm mật mã dân sự là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Cơ quan thu phí, lệ phí được trích để lại 90% trên tổng số tiền phí thẩm định thu được trước khi nộp vào ngân sách nhà nước để chi cho nội dung: Chi phí phục vụ trực tiếp cho việc thực hiện thu phí, lệ phí như: văn phòng phẩm, vật tư văn phòng, thông tin liên lạc, điện, nước, công tác phí (chi phí đi lại, tiền thuê chỗ ở, tiền lưu trú) theo tiêu chuẩn, định mức hiện hành; chi sửa chữa thường xuyên, sửa chữa lớn tài sản, máy móc, thiết bị phục vụ trực tiếp cho thực hiện công tác thẩm định và thu phí, lệ phí; chi mua sắm vật tư, nguyên liệu và các khoản chi khác liên quan trực tiếp đến việc thực hiện công tác thẩm định và thu phí, lệ phí; chi thẩm định của tổ chuyên gia, mức chi theo quy định tại Thông tư liên tịch số 44/2007/TT-BTC-BKHCN ngày 07/5/2007 của Bộ Tài chính và Bộ Khoa học và Công nghệ hướng dẫn định mức xây dựng và phân bổ dự toán kinh phí với các đề tài, dự án khoa học và công nghệ có sử dụng ngân sách nhà nước và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế khác (nếu có); chi khen thưởng, phúc lợi cho cán bộ, nhân viên trực tiếp thực hiện công tác thẩm định và thu phí, lệ phí theo nguyên tắc bình quân một năm, một người tối đa không quá 3 (ba) tháng lương thực hiện nếu số thu năm nay cao hơn năm trước và tối đa bằng 2 (hai) tháng lương thực hiện nếu số thu năm nay thấp hơn hoặc bằng năm trước, sau khi đảm bảo các chi phí theo quy định nêu trên. Trường hợp sử dụng không hết thì được chuyển sang năm sau để tiếp tục chi theo quy định hiện hành.

Số tiền phí thẩm định còn lại (10%), cơ quan thu phí, lệ phí phải nộp vào ngân sách nhà nước theo Chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.