Đối với thời kỳ chuyển tiếp:Trong thời hạn 05 năm kể từ ngày có hiệu lực thi hành của Nghị định, các cơ sở đóng mới, sửa chữa phương tiện hiện hành phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện quy định tại Nghị định này, với hai vấn đề cơ bản sau:

     1. Hành lang bảo vệ luồng đường thủy nội địa, quản lý cơ sở đóng mới, sửa chữa, hoán cải, phục hồi phương tiện

     Phạm vi hành lang bảo vệ luồng đường thủy nội địa quy định tại Khoản 4 Điều 16 của Luật Giao thông đường thủy nội địa được xác định từ mép luồng trở ra mỗi phía và theo cấp kỹ thuật đường thủy nội địa. Nghị định xác định phạm vi hành lang bảo vệ luồng đường thủy nội địa trong một số trường hợp đặc biệt.

          Nghị định cũng quy định điều kiện hoạt động của cơ sở đóng mới, hoàn cải, sữa chữa phục hồi phương tiện. Theo đó, tổ chức, cá nhân hoạt động đóng mới, hoàn cải, sữa chữa phục hồi phương tiện quy định tại khoản 1 Điều 27 của Luật Giao thông đường thủy nội địa phải thành lập doanh nghiệp theo quy định của pháp luật, trong đó có đăng ký ngành, nghề đóng mới, sữa chữa phương tiện thủy nội địa và phải bảo đảm các điều kiện sau đây: Có cơ sở vật chất, trang thiết bị phù hợp; có phương án tổ chức sản xuất, kinh doanh phù hợp với chủng loại, kích cở phương tiện được sản xuất, kinh doanh dịch vụ; Có bộ phận giám sát, quản lý chất lượng để bảo đảm sản phẩm đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn, điều kiện về chất lượng, an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường theo quy định; Có cán bộ kỹ thuật, bộ phận kiểm tra chất lượng đáp ứng yêu cầu hoạt động sản xuất, kinh doanh; Có phương án bảo đảm phòng, chống cháy nổ, an toàn, vệ sinh lao động và kế hoạch phòng, chống ô nhiễm môi trường đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt theo quy định.

      2. Quản lý hoạt động tại cảng thủy nội địa được phép tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài, phương án vận tải hàng hóa siêu trường, siêu trọng

      a. Hoạt động của phương tiện thủy nước ngoài tại cảng thủy nội địa được phép tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài

      - Phương tiện thủy nước ngoài là phương tiện thủy đã đăng ký và được cấp giấy chứng nhận đăng ký mang cờ quốc tịch của nước ngoài.

     - Phương tiện thủy nước ngoài khi đến và rời cảng thủy nội địa được phép tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài phải thực hiện thủ tục theo quy định của pháp luật về hàng hải như đối với tàu thuyền đến, rời cảng biển Việt Nam.

    - Chủ sở hữu hoặc người quản lý, khai thác, sử dụng cảng thủy nội địa được phép tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài phải đảm bảo các điều kiện về an toàn, an ninh; phòng, chống cháy, nổ và phòng ngừa ô nhiễm môi trường theo quy định của pháp luật.

   b. Nguyên tắc phối hợp hoạt động quản lý tại cảng thủy nội địa được phép tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài

   - Các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành tại cảng thủy nội địa được phép tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài thực hiện nhiệm vụ phải tuân theo các quy định của pháp luật, không gây phiền hà, làm ảnh hưởng đến hoạt động bình thường của doanh nghiệp cảng thủy nội địa, chủ tàu, chủ hàng, phương tiện và các tổ chức, cá nhân khác trong khu vực cảng, bến; Cảng vụ đường thủy nội địa có trách nhiệm chủ trì, phối hợp hoạt động giữa các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành tại cảng thủy nội địa được phép tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài.

   - Các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành tại cảng thủy nội địa được phép tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với nhau khi thi hành nhiệm vụ nhằm tạo thuận lợi cho hoạt động của các doanh nghiệp cảng, chủ tàu, chủ hàng, phương tiện và các tổ chức, cá nhân khác có liên quan, đảm bảo cho các hoạt động an toàn và hiệu quả.

   -  Các vướng mắc phát sinh liên quan đến chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành khác đều phải được trao đổi thống nhất để giải quyết kịp thời; trường hợp không thống nhất, phải kịp thời thông báo cho Cảng vụ đường thủy nội địa biết để giải quyết theo quy định của pháp luật.

   -  Khi thủ tục được thực hiện trên tàu thuyền theo quy định hoặc trong những hoàn cảnh đặc biệt khác do Giám đốc Cảng vụ đường thủy nội địa quyết định và chịu trách nhiệm, các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành được thành lập đoàn làm thủ tục do đại diện của Cảng vụ đường thủy nội địa làm trưởng đoàn và mỗi cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành chỉ cử một người tham gia; riêng đối với tàu khách, để giải quyết nhanh thủ tục, các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành về biên phòng và hải quan có thể cử thêm người tham gia đoàn nhưng số lượng phải được Giám đốc Cảng vụ đường thủy nội địa chấp thuận; nếu xét thấy không cần thiết phải lên phương tiện thủy nước ngoài, các các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành có thể không cử người tham gia đoàn thủ tục theo quy định tại Khoản này nhưng phải thông báo ngay cho Cảng vụ đường thủy nội địa biết kết quả giải quyết thủ tục của cơ quan mình.

   -  Trong trường hợp có vướng mắc phát sinh vượt quá thẩm quyền giải quyết của cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành nào thì cơ quan đó phải kịp thời báo cáo cơ quan quản lý cấp trên của mình để giải quyết ngay; khi cần thiết, các Bộ, ngành có liên quan có trách nhiệm phối hợp với Bộ Giao thông vận tải để giải quyết theo quy định.

      Ngoài ra Nghị định còn quy định trách nhiệm phối hợp hoạt động quản lý tại cảng thủy nội địa được phép tiếp nhận phương tiện thủy nước ngoài và các vấn đề khác có liên quan theo quy định.