Theo đó, trình tự, thủ tục cấp Giấy chứng nhận hành nghề gồm:

- Hồ sơ yêu cầu cấp Giấy chứng nhận hành nghề: Đơn đề nghị theo mẫu tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư; bản thuyết minh về quy trình kỹ thuật, phương tiện, danh mục trang thiết bị xử lý đối với từng biện pháp, loại hình và quy mô đăng ký theo mẫu quy định tại Phụ lục VII ban hành kèm theo Thông tư; bản sao có chứng thực hoặc bản sao chụp mang theo bản chính để đối chiếu Bằng tốt nghiệp trình độ từ đại học trở lên của người trực tiếp quản lý điều hành; bản chính Giấy khám sức khỏe của người trực tiếp quản lý điều hành do cơ quan y tế cấp huyện trở lên cấp; Bản sao chụp giấy khám sức khỏe của người trực tiếp thực hiện xử lý vật thể; danh sách người trực tiếp thực hiện xử lý vật thể đã được cấp Thẻ hành nghề; bản sao chụp các giấy tờ: Phương án phòng cháy chữa cháy được phê duyệt hoặc biên bản kiểm tra an toàn về phòng cháy và chữa cháy hoặc giấy tờ chứng minh đủ điều kiện về phòng cháy chữa cháy theo quy định của pháp luật; cam kết bảo vệ môi trường đã được phê duyệt hoặc giấy tờ chứng minh đủ điều kiện về đảm bảo môi trường theo quy định của pháp luật; bn sao chụp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.

- Tổ chức đăng ký cấp Giấy chứng nhận hành nghề xử lý vật thể nộp trực tiếp hoặc gửi qua đường bưu điện 01 bộ hồ sơ cho Cục Bảo vệ thực vật.

- Trong thời gian 05 ngày làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ, Cục Bảo vệ thực vật thẩm định hồ sơ và thông báo bằng văn bản kết quả thẩm định cho tổ chức đăng ký.

- Trong thời gian 15 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ hợp lệ, Cục Bảo vệ thực vật tổ chức kiểm tra thực tế điều kiện hành nghề của tổ chức đăng ký và cấp Giấy chứng nhận hành nghề xử lý vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật theo mẫu quy định tại Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư; trường hợp không cấp phải trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do.

- Nội dung kiểm tra thực tế: Kiểm tra điều kiện cơ sở vật chất, trang thiết bị kỹ thuật; kiểm tra thực hành xử lý vật thể kiểm dịch thực vật theo các nội dung và quy trình mà tổ chức hành nghề đã đăng ký.

Đối với các tổ chức hành nghề đã được cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện hành nghề xông hơi khử trùng vật thể xuất - nhập khẩu; Giấy chứng nhận đủ điều kiện hành nghề xử lý kiểm dịch thực vật hoặc Giấy chứng nhận đủ điều kiện hành nghề xông hơi khử trùng bảo quản nội địa trước ngày 30 tháng 3 năm 2015 được tiếp tục hoạt động hành nghề theo phạm vi và quy mô được cấp đến hết thời hạn ghi trên giấy chứng nhận.

Trước 03 tháng tính đến ngày Giấy chứng nhận hết hạn, tổ chức hành nghề phải nộp hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xử lý vật thể thực hiện theo quy định cho Cục Bảo vệ thực vật trong trường hợp có nhu cầu tiếp tục hành nghề xử lý vật thể.

Ngoài ra, Thông tư này còn quy định về việc Cấp thẻ hành nghề, trình tự thủ tục cấp lại thẻ hành nghề.